Effect of creep-feeding supplementation during the pre-weaning phase on gene co-expression in Longissimus thoracis muscle of F1 Angus x Nellore calves at weaning
Notice bibliographique
Résumé
The aim of this study was to analyze gene co-expression in skeletal muscle of calves with or without creep-feeding during the pre-weaning phase. Forty-eight F1 uncastrated male Angus-Nellore calves were divided into two groups: G1 - no creep-feeding, and G2 - creep-feeding. After weaning (210 days), all animals were kept in the feedlot for 180 days under the same conditions. Weaning weight, backfat thickness, and intramuscular fat content were significantly higher in G2, with intramuscular fat and marbling score being 17.2% and 14.0% higher, respectively, compared with G1 (P < 0.05). Longissimus thoracis muscle samples were collected at weaning for transcriptome analysis (RNA-Seq) in 12 animals of each group. Gene co-expression analysis using the CEMiTool R package identified seven modules; five showed differential activity between groups (adjusted P < 0.002). Modules 1, 2, and 3 showed the greatest association with treatments. Hub genes and enrichment in biological pathways and processes were identified in these modules. The absence of supplementation was associated with increased connectivity of hub genes involved in insulin signaling, oxidative metabolism, and cell cycle regulation, including CDKN1A, FOXO1, and NAMPT. These genes were enriched in processes related to lipid oxidation and response to ketone bodies, suggesting reduced myogenic and adipogenic activity. Notably, FOXO1 has context-dependent effects on adipogenesis, acting as both an inducer and inhibitor depending on the differentiation stage. In contrast, supplementation increased the activity of hub genes involved in cell signaling, muscle development, and differentiation, such as ITGB6, REEP1, TPCN1, PPARA, PTPN11, and MAP3K20, and enriched processes associated with muscle and adipose cell development. In conclusion, creep-feeding supplementation during the pre-weaning phase altered gene co-expression in skeletal muscle, activating pathways related to myogenesis, adipogenesis, and energy metabolism. These results suggest potential lasting molecular effects consistent with increased intramuscular fat deposition during finishing.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».