A liver gene signature links liver cancer risk in chronic viral hepatitis to intrahepatic IgA plasma cells
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND & AIMS: Chronic viral hepatitis remains a leading cause of liver cancer-related mortality worldwide. We aimed to identify genetic markers associated with hepatocellular carcinoma (HCC) risk in precancerous liver biopsies from patients with chronic HBV or HCV infection. METHODS: We conducted a multicenter nested case-control study including biopsied patients with chronic viral hepatitis from eight hospitals across Europe and Canada. Cases developed HCC a median of 7.1 years (range 1.5-26.8) after baseline liver biopsy, irrespective of antiviral treatment initiation, and were matched to controls by age, sex, infecting virus, fibrosis stage, and follow-up duration. A semi-supervised machine-learning approach was applied to liver RNA sequencing data, with de novo HCC development as the outcome. Immunohistochemistry and serum analyses were performed on available samples. RESULTS: ) and the validation cohort (p = 0.032). The signature was externally validated for de novo HCC (n = 216; p = 0.048) and for HCC recurrence in patients with cirrhosis irrespective of viral etiology (n = 82; p = 0.026; n = 228; p = 0.030). Single-cell modular score analyses indicated that the HCC risk signature reflects fibrovascular tissue expansion, hepatocyte loss, and increased transcriptional activity of IgA-producing plasma cells. The latter correlated with periportal IgA protein staining in paired transcriptomic-immunohistochemistry analyses. In a small subcohort, serum IgA levels also correlated with liver gene expression, suggesting potential utility as a surrogate marker of liver tissue architecture. CONCLUSIONS: A 557-gene liver transcriptomic signature, including IgA plasma cell-related transcripts, identified in pretreatment liver biopsies from patients with chronic HBV or HCV infection, is associated with future HCC risk. IMPACT AND IMPLICATIONS: Chronic viral hepatitis remains a major global cause of hepatocellular carcinoma (HCC)-related mortality, underscoring the need for improved risk stratification strategies. We identified a 557-gene liver transcriptomic signature, including IgA plasma cell-related transcripts, in pretreatment liver biopsies from patients with chronic hepatitis B and C that is associated with future HCC development. The expression of IgA plasma cell transcripts correlated with periportal IgA protein deposition in liver tissue, supporting their biological relevance. These findings highlight a previously underappreciated association between intrahepatic IgA plasma cells and hepatocarcinogenesis and warrant further investigation into their mechanistic role and potential utility as biomarkers or therapeutic targets for HCC.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».