The role of the Paf1 complex in controlling transcriptioncoupled histone modifications
Notice bibliographique
Résumé
Histone modifications that are deposited during transcription elongation impact the recruitment and activities of proteins that further restructure the chromatin template. The Paf1 complex (Paf1C) functions at the intersection of transcription elongation and histone modification by associating with RNA pol II and facilitating the modification of histones. We are exploring three aspects of Paf1C function in yeast: the mechanism by which it stimulates histone H2B K123 ubiquitylation, the nature of its physical interaction with RNA pol II, and its involvement in transcription termination. We have recently described a small domain within the Rtf1 subunit of Paf1C that is necessary and sufficient for promoting H2B ubiquitylation. Using a multidisciplinary approach, we are currently investigating how this histone modification domain interacts with chromatin and stimulates histone modification. In a separate study, we have recently identified a domain within Rtf1 that tethers Paf1C to RNA pol II through an interaction with the elongation factor Spt5. This interaction ensures that the diverse functions of Paf1C are properly targeted to active genes. Finally, using high‐resolution tiling array studies, we have demonstrated broad and gene‐specific effects of Paf1C on the termination of snoRNAs, revealing genes that differ in their dependence on Rtf1‐mediated histone modifications. Funded by NIH and CIHR.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».