Additional file 1 of Profound DNA methylomic differences between single- and multi-fraction alpha irradiations of lung fibroblasts
Notice bibliographique
Résumé
Additional file 1. Figure S1: Minus-Average plots illustrating the number of differentially methylated regions (DMRs) identified using various filters for statistical significance in α-irradiated fibroblasts. A DMRs detected in fibroblasts irradiated to single-fraction doses of α-particles. B DMRs detected in fibroblasts irradiated to multi-fraction doses of α-particles. Red, green, and gold dots indicate enriched regions with adjusted p value < 0.05, adjusted p value < 0.1, and raw p value <0.05, respectively. P values were adjusted for multiple testing using the false discovery rate method. Table S1: Parameters of the single-fraction α-irradiation using americium-241 sources in lung fibroblast cells. Table S2: Parameters of the 14-day multi-fraction α-irradiation equally delivered every 24 hours using americium-241 sources in lung fibroblast cells. Table S3: Number of differentially methylated regions (DMRs) in α-irradiated fibroblasts. The dose was delivered either as a singlefraction or equally distributed in 14 fractions (multi-fraction) with one fraction per day every 24 hours. The DMRs were generated using the MEDIPS package. The adjusted p values were computed using the false discovery rate (FDR) method. Table S4: Genes harboring the aging-associated differentially methylated regions (DMRs) in the α-irradiated lung fibroblasts. The total dose was delivered either as a single-fraction (SF) or 14-d multi-fraction (MF) every 24 hours. These events are based on the epigenetic chronological DNAm clock from Horvath [33] and the biological DNAm clock from Levine, et al. [34]. HypoDMRs, hypomethylated DMRs; hyperDMRs, hypermethylated DMRs; chr, chromosome. Table S5: The list of all differentially methylated regions (DMRs) located within the promoter site of the genome and their associated genes identified in the lung fibroblasts irradiated to single-fraction (SF) doses of α-particles. HypoDMRs, hypomethylated DMRs; HyperDMRs, hypermethylated DMRs; chr, chromosome. Table S6: The list of all differentially methylated regions (DMRs) located within the promoter site of the genome and their associated genes identified in the lung fibroblasts irradiated to multi-fraction (MF) doses of α-particles. Each fraction was equally delivered every 24 hours for 14 days. HypoDMRs, hypomethylated DMRs; HyperDMRs, hypermethylated DMRs; chr, chromosome.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,013 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,833 | 0,118 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».