Additional file 2 of Determinants of substrate specificity in a catalytically diverse family of acyl-ACP thioesterases from plants
Notice bibliographique
Résumé
Additional file 2: Fig. S1. Predicted catalytic and acyl-binding cavity residues in modelled ALTs align with those of E. coli YbgC and Umbellularia californica FatB [45, 46, 48]. A. Monomer models of the hot-dog fold domains of MtALT1 and the E. coli acyl-CoA thioesterase YbgC, with numbered α-helices and β-strands. ALT monomers were modelled by AlphaFold 2.0, and the crystal structure of E. coli YbgC was retrieved from the RCSB PDB (PDB ID: 5 T06) [39, 40, 45]. B. Superimposition of Arabidopsis thaliana ALT3/4, Medicago truncatula ALT1/2, and Zea mays ALT1/3 homotetramer models assembled with HSYMDOCK (grey) with the crystal structure of the E. coli acyl-CoA thioesterase YbgC (yellow) [39–41, 45]. C. Comparison of predicted catalytic residues in modelled ALTs and the crystal structure of EcYbgC. AtALT4 is used as a representative example. Catalytic triad residues belong to two neighbouring subunits. D. Comparison of predicted acyl-binding cavity structure in modelled ALTs, and the crystal structures of EcYbgC and UcFatB. MtALT1 is used as a representative example. Ribbon structure of α1-α2 of the hot-dog fold domain is hidden from models to increase visibility of key residues. The crystal structure of UcFatB was retrieved from the RCSB PDB (PDB ID: 5X04), and the N-terminal hot-dog fold domain (residues 100–247) were isolated in ChimeraX 1.2.5 software. Top: Predicted substrate-binding cavity residues of MtALT1 and EcYbgC are shown as stick models. Middle: Molecular surfaces formed by predicted acyl binding cavity residues are coloured according to hydrophobicity (yellow = hydrophobic, white = amphipathic, blue = hydrophilic). Bottom: Predicted substrate-binding cavity residues of MtALT1, and experimentally determined substrate-binding cavity residues of UcFatB are shown as stick models [48]. E. Alignment of the MtALT1, EcYbgC, and N-terminal UcFatB hot-dog fold domain sequences [55]. Acyl-binding cavity residues belonging to each protein are highlighted in red [46]. Asterisks (*) indicate predicted acyl-binding cavity-forming residues of MtALT1 that align with those of both EcYbgC and UcFatB. Dots (●) indicate cavity-forming residues of MtALT1 that align with those of EcYbgC, but not UcFatB. Diamonds (◊) indicate cavity-forming residues of UcFatB that align structurally, but not on the sequence alignment, with those of MtALT1.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,920 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».