Genomic characterization and virulence of Streptococcus suis serotype 7 sequence type 373 of clonal complex 94
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Streptococcus suis is a swine pathogen that also causes invasive infections in humans, leading to significant economic losses in pig production worldwide. Serotype 2 is the most pathogenic S. suis strain associated with human infections. However, non-serotype 2 strains isolated from humans have been reported globally. Here, we conducted a comparative genomic analysis of S. suis serotype 7-ST373 strains belonging to clonal complex 94, isolated from both humans and pigs, and assessed their virulence through mouse infection experiments. Genomic analysis revealed that S. suis serotype 7-ST373 strains harbor genomic islands 1–3 of the pathogenic S. suis clade. They also possess a high number of virulence-associated genes, similar to those of virulent serotype 2 strains, suggesting a high virulence potential. The antimicrobial resistance gene tet(O), which confers tetracycline resistance, was found in all ST373 strains, while erm(B), which confers macrolide resistance, was detected in most ST373 strains. However, the macrolide and lincosamide resistance genes lnu(B) and lsa(E) were found exclusively in a Thai human strain. Comparative genomics of ST373 strains with the virulent serotype 2 strain P1/7 identified 76 unique genes in ST373 strains, including 30 genes exclusively present in human ST373 strains. Mouse virulence experiments with two human ST373 strains (GX69 and STC2826) and one strain from a healthy pig (WUSS318) resulted in 100% mortality, classifying them as highly virulent. These findings indicate that serotype 7-ST373 strains demonstrate pathogenic potential and should be closely monitored.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».