Kinetic and Structural Evaluation of Selected Active\nSite Mutants of the <i>Aspergillus fumigatus</i> KDNase\n(Sialidase)
Notice bibliographique
Résumé
<i>Aspergillus fumigatus</i> is an airborne fungal pathogen.\nWe previously cloned and characterized an <i>exo</i>-sialidase\nfrom <i>A. fumigatus</i> and showed that it preferred 2-keto-3-deoxynononic\nacid (KDN) as a substrate to <i>N</i>-acetylneuraminic acid\n(Neu5Ac). The purpose of this study was to investigate the structure–function\nrelationships of critical catalytic site residues. Site-directed mutagenesis\nwas used to create three mutant recombinant enzymes: the catalytic\nnucleophile (Y358H), the general acid/base catalyst (D84A), and an\nenlargement of the binding pocket to attempt to accommodate the <i>N</i>-acetyl group of Neu5Ac (R171L). Crystal structures for\nall enzymes were determined. The D84A mutation had an effect in decreasing\nthe activity of AfKDNase that was stronger than that of the same mutation\nin the structurally similar sialidase from the bacterium <i>Micromonospora\nviridifaciens</i>. These data suggest that the catalytic acid\nis more important in the reaction of AfKDNase and that catalysis is\nless dependent on nucleophilic or electrostatic stabilization of the\ndeveloping positive charge at the transition state for hydrolysis.\nRemoval of the catalytic nucleophile (Y358H) significantly lowered\nthe activity of the enzyme, but this mutant remained a retaining glycosidase\nas demonstrated by nuclear magnetic resonance spectroscopic analysis.\nThis is a novel finding that has not been shown with other sialidases.\nKinetic activity measured at pH 5.2 revealed that R171L had higher\nactivity on a Neu5Ac-based substrate than wild-type KDNase; hence,\nleucine in place of arginine in the binding pocket improved catalysis\ntoward Neu5Ac substrates. Hence, whether a sialidase is primarily\na KDNase or a neuraminidase is due in part to the presence of an amino\nacid that creates a steric clash with the <i>N</i>-acetyl\ngroup.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,005 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».