File S1 - <i>MTHFR</i> Glu429Ala and <i>ERCC5</i> His46His Polymorphisms Are Associated with Prognosis in Colorectal Cancer Patients: Analysis of Two Independent Cohorts from Newfoundland
Notice bibliographique
Résumé
<p><b>Supporting information.</b> Figure S1 The circled SNP is rs1801131 (<i>MTHFR</i> Glu429Ala), which lies in a 12kb LD block. The black squares indicate other highly correlated SNPs (r<sup>2</sup>>0.80). Figure S2 The circled SNP is rs1046678 (<i>ERCC5</i> His46His), which lies in a 23kb LD block. The black squares indicate other highly correlated SNPs (r<sup>2</sup>>0.80). Table S1 n: number. Table S2 <sup>*</sup>Assay ID by Applied Biosystems (CA, USA). Underlined are the sequences on probes that are complementary to alleles they recognize. Assays for rs1799750 in <i>MMP1</i> gene and rs1799889 in <i>SERPINE1</i> gene were custom designed. Assays for rs1801131 in <i>MTHFR</i> gene and rs1047768 in <i>ERCC5</i> gene were predesigned by Applied Biosystems. Primer and probe sequences for these assays are not available since they are proprietary of Applied Biosystems. Seq: sequence. Table S3 n/a: not applicable. Polymorphisms with χ2 value greater than 3.84 were considered to be deviating from HWE (p<0.05). *For these gene deletions, since heterozygote genotype cannot be determined by the genotyping method applied, HWE was not calculated. All polymorphisms were investigated in this study regardless of their deviations from the HWE as these deviations may also be attributed to the fact that the Newfoundland population is considered a genetically isolated population <a href="http://www.plosone.org/article/info:doi/10.1371/journal.pone.0061469#pone.0061469-Kweekel1" target="_blank">[49]</a>. Nevertheless, it is worth noting that while the <i>OGG1</i> Ser326Cys polymorphism that deviated from the HWE was included in the DFS multivariable model of the discovery cohort, its genotype data was not available for the validation cohort patients. Thus, the main conclusion on the disease-free survival analysis that the <i>ERCC5</i> His46His polymorphism was associated with DFS in both the discovery and the validation patient cohorts is not affected by including this polymorphism in the DFS analysis of the discovery cohort. Table S4 CI: confidence interval, HR: hazard ratio, MSI: microsatellite instability, n: number of patients, vs: versus. Table S5 CI: confidence interval, HR: hazard ratio, MSI: microsatellite instability, n: number of patients, vs: versus. Table S6 CI: confidence interval, HR: hazard ratio, MSI: microsatellite instability, n: number of patients, vs: versus. Table S7 CI: confidence interval, HR: hazard ratio, MSI: microsatellite instability, n: number of patients, vs: versus. Methods S1 Genotyping reactions. Methods S2 Construction of linkage disequilibrium (LD) maps.</p> <p>(DOC)</p>
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,003 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,007 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,008 | 0,013 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,002 |
| Communication savante | 0,001 | 0,003 |
| Science ouverte | 0,006 | 0,005 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,007 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; les deux têtes enseignantes s’accordent sur ce qui est montré ici.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».