VALIDATION OF LAMP ASSAY FOR KLEBSIELLA AEROGENES DETECTION IN THREE VEGETABLE SPECIES
Notice bibliographique
Résumé
VALIDATION OF LAMP ASSAY FOR KLEBSIELLA AEROGENES DETECTION IN THREE VEGETABLE SPECIES Marija Pavlović2, Mila Djisalov1, Ljiljana Šašić Zorić1, Ljiljana Janjušević1, Željko D. Popović2, Ivana Gadjanski1 1 BioSense Institute, University of Novi Sad, Dr Zorana Đinđića 1, 21000 Novi Sad, Serbia; 2 Department of Biology and Ecology, Faculty of Sciences, University of Novi Sad, Trg Dositeja Obradovića 3, 21000 Novi Sad, Serbia Introduction: Klebsiella aerogenes is a foodborne pathogen that contaminates fruits and vegetables. Detecting it in a timely manner is essential to prevent its transmission through contaminated food sources. In this regard, the LAMP method proved to be a robust, highly sensitive and highly specific method for real-time pathogen detection, and thus method of choice for detection of K. aerogenes. Methods: We selected three distinct vegetable types (carrot, cucumber, and lettuce) that were artificially contaminated (spiked) with a bacterial suspension containing 1.5 x 109 CFU/mL of K. aerogenes. DNA extraction from the samples was performed using two approaches: Chelex approach for fast extraction, and Plant/Fungi DNA Isolation Kit (Norgen Biotek Corp., Canada) for spin-column extraction. The total DNA extracted from both methods was subsequently diluted to a concentration of 1 ng/μL and used for the LAMP assay. Results: The results indicated successful detection of K. aerogenes by LAMP using total DNA from both extraction approaches. DNA isolated with a commercial kit reaches the exponential phase of the reaction approximately five minutes earlier compared to DNA obtained by the Chelex method. This can be related to the fact that fast DNA extracts often contain nucleic acid amplification inhibitors. Conclusion: The presented research highlights the remarkable potential of the LAMP methodology that can be efficiently combined with fast DNA extraction methods for in-field detection of pathogens. Key words: LAMP, Klebsiella aerogenes, foodborne pathogens, molecular diagnostics Acknowledgements: This research was funded by MSCA-RISE H2020 project IPANEMA (grant agreement number 872662) and by the Ministry of Science, Technological Development, and Innovations of the Republic of Serbia (grant agreement number 451-03-47/2023-01/200358).
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».