Additional file 1 of Ion channel profiling of the Lymnaea stagnalis ganglia via transcriptome analysis
Notice bibliographique
Résumé
Additional file 1: Table S1. Published adult CNS RNA-seq libraries from selected model organisms used in this study. Table S2. Pfam IDs used to identify transcripts encoding ion channels and ionotropic receptors in the L. stagnalis CNS. Table S3. Summary of L. stagnalis CNS RNA-seq library metrics before and after reads correction and filtering. Table S4. Mapping statistics of the CNS RNA-seq libraries to L. stagnalis genome assembly. Table S5. Transcript assembly statistics for L. stagnalis CNS RNA-seq libraries. Table S6. Proportion of transcripts containing complete and fragmented ORFs as identified by the Evigene pipeline in the “okay” and “okalt” sequence sets. Table S7. Top 20 expressed transcripts in the adult mouse brain. Table S8. Top 20 expressed transcripts in the adult X. tropicalis brain. Table S9. Top 20 expressed transcripts in the adult zebrafish brain. Table S10. Top 20 expressed transcripts in the adult fruitfly brain. Table S11. Top 20 expressed transcripts in adult C. elegans neurons. Table S12. Enriched GO terms of mouse genes in orthogroups shared amongst vertebrate and invertebrate species. Table S13. Enriched Reactome pathways of mouse genes in orthogroups shared amongst all the species examined. Table S14. Enriched KEGG pathways of mouse genes in orthogroups shared amongst all the species examined. Table S15. Transcript factors whose binding motifs are enriched in the set of mouse genes in orthogroups shared amongst all the species examined. Table S16. Enriched GO terms of mouse genes in orthgroups shared amongst only the vertebrate species examined. Table S17. Enriched Reactome pathways of mouse genes in orthgroups shared amongst only the vertebrate species examined. Table S18. Enriched KEGG pathways of mouse genes in orthgroups shared amongst only the vertebrate species examined. Table S19. Enriched GO terms of fruit fly genes in orthgroups shared amongst only the invertebrate species examined.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,009 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,736 | 0,129 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».