Additional file 4 of Kinetic characterization of annotated glycolytic enzymes present in cellulose-fermenting Clostridium thermocellum suggests different metabolic roles
Notice bibliographique
Résumé
Additional file 4. Amino acid alignments of class II FBP aldolases. Figure S7. Including the characterized FBP aldolase of C. thermocellum currently under investigation; as well as the other annotated FBP aldolase encoded by C. thermocellum (C. thermocellum_hyp). Thermus aquaticus, Thermotoga maritima, Giardia lamblia, Helicobacter pylori, Geobacillus stearothermophilus all belong to class IIB, while E. coli, Corynebacterium glutamicum, Saccharomyces cerevisiae, Euglena gracilis belong to class IIA. The conserved residues implicated in binding the Zn2+ (D) and monovalent cation (M) have been identified based off stucturalr studies done the aldolase of E. coli [52]. Segments highlighted in black, identical residues, while letters that are bold represent similar residues. The sequences were aligned with MAFFT and the figure prepared with ESPript. The percent similarity between C. thermocellum characterized Aldoa and each of the other aldolases were placed at the end of the alignment.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,971 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».