Additional file 2 of Physiological and transcriptomic analyses provide insight into thermotolerance in desert plant Zygophyllum xanthoxylum
Notice bibliographique
Résumé
Additional file 2: Table S1.Overview of RNA sequencing data. Table S2. Sequencing production statistics. Table S3. Summary of sequence annotation. Table S4. DEGs related to MYBs and HSFs in roots of Z. xanthoxylum under heat treatments. Fold change equals to log2 (the RPKM value of a gene undertreatment / the RPKM value of a gene under control condition) and indicates thetranscript abundance change of each DEGs. Homologous gene and homologous species were obtained by NCBI blast according to the sequence corresponding to the gene ID. Table S5. DEGs relatedto AP2/ERFs in roots of Z. xanthoxylum identified only at 40°C for 0.5 h. Foldchange equals to log2 (40°C-0.5 h RPKM / 25°C-0.5 h RPKM) and indicates thetranscript abundance change of each DEGs. Homologous gene and homologous species were obtained by NCBI blast according to the sequence corresponding tothe gene ID. Table S6. DEGs relatedto WRKYs in roots of Z. xanthoxylum identified only at 40°C for 0.5 h. Foldchange equals to log2 (40°C-0.5 h RPKM / 25°C-0.5 h RPKM) and indicates thetranscript abundance change of each DEGs. Homologous gene and homologousspecies were obtained by NCBI blast according to the sequence corresponding tothe gene ID. Table S7. DEGs related to HSFs in roots of Z. xanthoxylum identified only at 40°C for 0.5 h. Foldchange equals to log2 (40°C-0.5 h RPKM / 25°C-0.5 h RPKM) and indicates thetranscript abundance change of each DEGs. Homologous gene and homologous species were obtained by NCBI blast according to the sequence corresponding tothe gene ID. Table S8. DEGs relatedto HSPs in roots of Z. xanthoxylum identified under heat treatments. Foldchange equals to log2 (the RPKM value of a gene under treatment / the RPKM value of a gene under control condition) and indicates the transcript abundancechange of each DEGs. Homologous gene and homologous species were obtained by NCBI blast according to the sequence corresponding to the gene ID. Table S9. DEGs related to HSPs in roots of Z. xanthoxylum identified only at 40°C for 6 h. Fold change equals to log2 (40°C-6 h RPKM / 25°C-6 h RPKM) and indicates the transcript abundance change of each DEGs. Homologous gene and homologous species were obtained by NCBI blast according to the sequence corresponding to the gene ID. Table S10. DEGs related to PSI inleaves of Z. xanthoxylum identified only at 40°C for 0.5 h. Fold change equalsto log2 (40°C-0.5 h RPKM / 25°C-0.5 h RPKM) and indicates the transcript abundance change of each DEGs. Homologous gene and homologous species were obtained by NCBI blast according to the sequence corresponding to the gene ID. Table S11. The sequences used for RT-qPCR validation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,007 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,773 | 0,160 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».