Additional file 4 of Consistent cord blood DNA methylation signatures of gestational age between South Asian and white European cohorts
Notice bibliographique
Résumé
Additional file4 Figure S3. Relationship between CpG association effect size and heterogeneity of effect. Panel A) shows the scatterplot of estimated association effect in CHILD (x-axis) and START (y-axis) for CpGs that were significant in the meta-analysis (FDR adjusted p < 0.05) that also were heterogenous in their effects (Heterogeneous p < 0.01) (#CpG = 108); for the same set of CpGs, Panel B) shows the relationship between the absolute difference in beta-values (taken as the mean difference of CHILD and START) and the -log10 Wilcox test p-values, where Wilcox test p-value > 0.05 corresponded to no evidence for difference in distribution of CpG between CHILD and START, and those between 0.05 and 1×10–5, 1×10–5 and 1×10–10, and < 1×10–10 as small, medium and large difference. Each CpG that had been mapped to a gene using the “sesame” annotation package was labeled with the corresponding gene. The solid gray line is the best fitted line for the linear relationship between the effect sizes and the dashed gray line represents the reference of y=x
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,043 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,887 | 0,119 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».