Additional file 3 of The compact genome of the sponge Oopsacas minuta (Hexactinellida) is lacking key metazoan core genes
Notice bibliographique
Résumé
Additional file 3: Survey of candidate genes for epithelia, multicilliogenesis, signaling pathways, transcription factors, neuro-sensory functions, biosilicification. Table S9. Blastp search of proteins involved in bilaterian epithelial functions. Figure S7. Domain prediction of integrins and of laminins. Table S10. Blastp search concerning proteins involved in bilaterian multiciliogenesis. Table S11. Blast Search of core genes involved in three main ancestral signalling pathways. Table S12. Blastp search results concerning G-proteins. Table S13. Blastp search and protein domain analyses concerning basic Helix Loop Helixtranscription factors. Figure S8. Phylogenetic relationships among bHLH Transcription factors. Figure S9. Phylogenetic position of Oopsacas bHLH-PAS Transcription factors. Table S14. Blastp search, domain and phylogenetic analyses performed on various transcription factor types. Figure S10. Domain Prediction of HD transcription factors. Figure S11. Phylogenetic positions of Oopsacas Homeobox Transcription factors of the ANTP class. Table S15. Survey of candidate genes for photoreception. Table S16. Blastp search for proteins involved in chemical signaling. Table S17. HHMER searches in O. minuta for voltage gated ion channels. Figure S12. Diversity and phylogenetic positions of Oopsacas calcium channels. Figure S13. Phylogenetic positions of Oopsacas potassium channels. Table S18. Blastp search of proteins involved in bilaterian synapses. Table S19. Results of HMMER searches for SNARES proteins. Table S20. Blast P search of proteins involved in silica biogenesis. Table S21. List of sequences used for phylogenetic analyses of silicatein and cathepsin.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,006 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,712 | 0,151 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».