Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
The workflow's name has been changed from <code>nf-iav-illumina</code> to <code>nf-flu</code> and the official repo for <code>nf-flu</code> will be CFIA-NCFAD/nf-flu going forward. Version 3 is a major release adding a Nanopore influenza sequence analysis subworkflow using IRMA for initial assembly and BLAST against NCBI Influenza DB sequences and optionally, user-specified sequences to identify the top reference sequence for each segment for each sample. A standard read mapping/variant calling analysis is performed: for each sample, Nanopore reads are mapped separately against each gene segment reference sequence using Minimap2; variant calling of read alignments is performed using Clair3; depth-masked consensus sequence is generated using Bcftools. Consensus sequences are BLAST searched against NCBI Influenza (and user-specified sequences) to generate a BLAST summary report and H/N subtyping report. MultiQC is used to summarize results into an interactive HTML report. NOTE: Read mapping/variant calling analysis has not been ported to the Illumina sequence analysis subworkflow. 3.1.0 changes Added back <code>bin/fastq_dir_to_samplesheet.py</code> for Illumina <code>--input</code> samplesheet creation from Illumina FASTQ reads directory Fixed issue #12. Nanopore sample sheet can specify a mix of single FASTQ files and/or directories containing FASTQ files. Different reads with the same sample name will be merged prior to analysis. FASTQs can be GZIP compressed and have the extensions: <code>.fastq</code>, <code>.fq</code>, <code>.fastq.gz</code>, <code>.fq.gz</code>. Updated CI tests to test for this flexible sample sheet handling. Switched to GitHub YAML form for bug report template from Markdown template. CI tests now output <code>results/pipeline_info/</code> and <code>.nextflow.log</code> as artifacts for easier debugging of issues.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,004 | 0,004 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,050 | 0,017 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle