Additional file 2 of Identification of plasmids in avian-associated Escherichia coli using nanopore and illumina sequencing
Notice bibliographique
Résumé
Additional file 2: Figure S1. Quality control parameters determined for different types of hybrid genome assembly. Strip plots show parameter values for N50 (A), number of contigs (B), largest contig (C), total length (D) and GC content (E), for hybrid WGS assemblies from 19 E. coli isolates, as determined by Quast. Bars represent the mean parameter values corresponding to each type of hybrid assembly: 1) HLF, Illumina + Nanopore Ligation + filtered; 2) HLUF, Illumina + Nanopore Ligation + unfiltered; 3) HRF, Illumina + Nanopore Rapid + filtered; and 4) HRUF, Illumina + Nanopore Rapid + unfiltered. There were no significant differences in quality parameters between each assembly type as determined by t-test (P > 0.05). Figure S2. Quality control parameters determined for different types of long-read genome assembly.Box and whisker plots show parameter values for N50 (A), number of contigs (B), largest contig (C), total length (D) and GC content (E), for long read WGS assemblies from 19 E. coli isolates, as determined by Quast. The line in each box represents the mean parameter value corresponding to each type of long-read (L) assembly: 1) LLF, Nanopore Ligation+ filtered; 2) LLUF, Nanopore Ligation + unfiltered; 3) LRF, Nanopore Rapid + filtered; and 4) LRUF, Nanopore Rapid + unfiltered. Statistical significance in any pairwise comparison was determined using ttests (P < 0.05, *; P < 0.01,**). All other pairwise comparisons were not significant (P > 0.05). Figure S3. The effect of polishing long read sequence assemblies on plasmid detection by MOB-suite.The total numbers of detected plasmids are shown for long-read DNA sequence assemblies (Nanopore Ligation or Rapid kits, filtered or unfiltered) prepared from 19 E. coli isolates. The assemblies were either unpolished, polished with raw Nanopore reads, or the long-read assemblies were polished with Illumina reads to generate a hybrid assembly, prior to analysis by MOB-suite software. The values were compared between groups using t-tests and determined not to be significantly different (P > 0.05, ns). Table S1. DNA sequencing parameters for plasmid extraction kit samples prepared from two avian-associated E. coli isolates.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,020 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,838 | 0,222 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».