Additional file 1 of The meaning of ubiquitylation of the DSL ligand Delta for the development of Drosophila
Notice bibliographique
Résumé
Additional file 1: Fig. S1. Expression of DlattP-constructs in various tissues compared to Dl::GFP. (A-A’’, C-C’’, F-F’’, H-H’’) Expression in various imaginal discs of the late third instar stage. (A-A’’, F-F’’) Expression in the eye imaginal disc. (C-C’’, H-H’’) Expression in the haltere, wing and leg disc.(B-B’’, G-G’’) Expression in the larval brain of the late third instar stage. The arrowhead highlights expression in the optic lobes. (D-D’’, I-I’’) Expression in stage 11 embryos. (E-E’’, J-J’’) Expression in the adult gut. Expression is largely restricted to escargot (esg-GFP) positive ISCs (E’’, J’’). Fig. S2. (A-B’’) Comparison of expression of DlattP-Dl-HA and DlattP-DlK2R-HA on the cell surface. Clonal analysis was used to twin clone that express either of the DlattP-variants in homozygosity, as described in (A). (B, B’) An example of a disc bearing the clones. The arrowhead points to a Dl-HA homozygous clone. The abundance of Dl is much reduced in the cells of Dl-HA homozygous in comparison to cells of DlK2R homozygous or heterozygous clones. (B’’) Pixel density measurements of the channels in the apical membrane region highlighted by the thin line in (B, B’). It revealed that Dl-HA is significantly less abundant than DlK2R-HA in the membrane. (C-C’’’) Co-depletion of Rab4 and Rab11 by expression of RNAi constructs for 46h using a combination of ciGal4 and tubGal80ts. It efficiently suppresses the expression of a mCherry-Rab4 construct (C’), as well as Rab11 (C’’). (D, D’) Co-depletion of Rab4 and Rab11 had no effect on the expression of DlK2R-HA, suggesting that endosomal recycling is not involved in the increase of it abundance in the membrane. Fig. S3. Three additional examples of wing discs with twin clones homozygous for DlattP-DlK2R-HA or DlattP-Dl-HA crossing the region of stripe2 at different points. Fig. S4. (A-C’’’) Analysis of SOP formation in DlattP-DlK2R-HA/Df (B-B’’’) and DlattP-Dl-HA/Df (C-C’’’) wing discs. (A-A’’’) The expression of the used marker in the wildtype is shown for comparison. (B-C’’’) No significant differences in the expression of the markers are detected, indicating that the SOP selection occurs normally in DlattP-DlK2R-HA/Df flies. (D, E) Depletion of neur function by neur-RNAi with ciGal4 in DlattP-DlK2R-HA/Df flies causes the development of a neurogenic phenotype (arrow). (F) Homozygous DlattP-Dl-NEQN2A-HA flies die during embryogenesis and display the neurogenic cuticle phenotype. The arrow point to the small patch of remaining cuticle. (G-G’’) Notal region of a wing disc bearing DlattP-Dl-NEQN2A-HA homozygous clones. The clones are labelled by the loss of GFP. (G’, G’’) magnification of the region highlighted by the arrows in (G). It reveals the neurogenic phenotype and the accumulation of DlattP-Dl-NEQN2A-HA in the plasma membrane of the SOPs (arrow). This accumulation is much less obvious in the SOP developing in the heterozygous DlattP-Dl-NEQN2A-HA/+ region (G, G’, arrowhead).
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,055 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».