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Enregistrement W6939765016 · doi:10.6084/m9.figshare.21357927

Nagata et al. Supplementary Figure S1

2022· other· en· W6939765016 sur OpenAlexaboutno aff

Notice bibliographique

RevueFigshare · 2022
Typeother
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiqueMycorrhizal Fungi and Plant Interactions
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésImmunohistochemistryPolyclonal antibodiesFrozen section procedureStainingHydrogen peroxidePrimary and secondary antibodiesImmunofluorescenceAntibody

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Supplemental Figure S1. Representative images of inducible nitric oxide synthase-expressing (iNOS+) cells on postinjury day 5. A-B: Images were obtained from the damaged muscle in the icing group. A: A transverse section of injured muscle was analyzed by immunohistochemical staining for iNOS, counterstained with hematoxylin. Black arrowheads indicate iNOS+ regenerating muscle cells with central nuclei. B: A transverse section of injured muscle was analyzed by immunofluorescence for CD68 (green) and iNOS (red). Nuclei were stained with 4′-6-diamino-2-phenylindole (DAPI, blue). Arrows indicate macrophages identified as positive color of CD68 surrounding a nucleus (blue). White arrowheads indicate iNOS+ cells excluding macrophages identified as single positive color of iNOS surrounding a nucleus (blue). Scale bars = 30 μm. Method for (A): Immunohistochemical staining was performed on the cross section of injured extensor digitorum longus muscle. Cryosection was fixed with 4% paraformaldehyde, washed in phosphate-buffered saline (PBS), blocked and permeabilized with PBS containing 10% normal goat serum at room temperature for 1 h, and incubated with primary antibodies at 4°C overnight. The primary antibody: rabbit polyclonal anti-iNOS antibody (1:50, ab3523, lot# GR3382908-1; Abcam, Cambridge, UK; RRID: AB_303872) was diluted in PBS containing 5% normal goat serum. After washing the section three times in PBS, endogenous peroxidase activity was quenched with 0.3 % hydrogen peroxide diluted in methanol for 30 min at room temperature. The section was then washed three times in PBS and was incubated with MAX-PO (R) (Nichirei Biosciences Inc., Tokyo, Japan) secondary antibodies for 30 min at room temperature. After washing with PBS, the section was placed in the 3,3′-diaminobenzidine reaction solution, counterstained with hematoxylin. The sample was viewed on an Olympus BX50 microscope (Olympus, Tokyo, Japan) with objectives and image was taken with a digital camera (DP20; Olympus). Method for (B): Immunofluorescence was performed on the cross section of injured extensor digitorum longus muscle. Cryosection was fixed with 4% paraformaldehyde, washed in PBS, blocked and permeabilized with PBS containing 10% normal goat serum and 1% Triton X-100 at room temperature for 1 h, and incubated with primary antibodies at 4°C overnight or at room temperature for 1 h. The primary antibodies: mouse monoclonal anti-CD68 antibody (1:200, MCA341GA, lot# 0515; Bio-Rad, Hercules, CA, USA; RRID: AB_566872), and rabbit polyclonal anti-iNOS antibody (1:50, ab3523, lot# GR3382908-1; Abcam, Cambridge, UK; RRID: AB_303872) were diluted in PBS containing 5% normal goat serum. After washing the section three times in PBS, the sample was incubated with the appropriate species-specific (anti-mouse and/or anti-rabbit) fluorescence-conjugated (Alexa Fluor 488 and/or 594) secondary antibodies (Thermo Fisher Scientific, Waltham, MA, USA), diluted (1:1000) in PBS containing 5% normal goat serum, at room temperature for 2 h. After washing with PBS, the section was mounted using Vectashield mounting medium (Vector Laboratories, Burlington, ON, Canada) containing 4′-6-diamino-2-phenylindole to visualize the nuclei. The sample was viewed for the fluorescent labels on a ZEISS Axio Vert. A1 microscope (Zeiss, Oberkochen, Germany) and photographed with an AxioCam MRm (Zeiss) camera (max resolution 1388 × 1040 pixels) using AxioVision Rel. 4.8 (Zeiss) software.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,004
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesCharge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)
Catégories consensuellesCharge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: Sans objet
GenreSignal candidat: Autre · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,349
Score d'incertitude au seuil0,498

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,004
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0020,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0020,002
Études des sciences et des technologies0,0020,000
Communication savante0,0030,002
Science ouverte0,0030,002
Intégrité de la recherche0,0030,002
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,6510,273

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,025
Tête enseignante GPT0,240
Écart entre enseignants0,216 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; l’étiquette directe de Gemma et le classifieur distillé Codex s’accordent sur ce qui est montré ici.

Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreAutre

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2022
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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