3-C-357 - RNA binding of heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A1 is dysregulated in a mouse model of Multiple Sclerosis
Notice bibliographique
Résumé
Authors: Patricia Thibault¹, Hannah Salapa¹, Michael Levin¹ ¹University of Saskatchewan Abstract: Neurodegeneration (NDG), hallmarked by neuronal cell body and axonal loss, occurs in progressive Multiple Sclerosis (MS) in the absence of overt relapses and inflammatory episodes. Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A1 (A1) is an RNA binding protein that is key in cellular RNA metabolism, but is mislocalized from nuclei to cytoplasm in the neurons from brains of people with progressive MS, and from spinal cords of mice with experimental autoimmune encephalomyelitis (EAE), a model for MS. We hypothesized that this mislocalization impacts the A1 RNA binding profile to promote NDG. To test this, we compared the A1 RNA binding profile from the spinal cords of naïve mice to those of mice with EAE, using crosslinking-immunoprecipitation/RNA sequencing (CLIPseq). We confirmed that the global RNA transcriptome from EAE mouse spinal cords is distinct from that of naïve mice, and further found that severity of EAE disease resulted in a greater alteration in the global transcriptome, with a number of differentially-expressed genes involved in neurodegeneration. We have also generated a first-of-its-kind profile of homeostatic A1 RNA targets in spinal cord. Further, the A1 RNA binding profile is drastically dysregulated in EAE mouse spinal cords, losing interaction with ~40% of homeostatically bound RNAs and instead enriching for non-coding RNAs. We are in the process of mapping the A1 binding "footprint" on these RNAs to provide insight into its specificity. Together, these data will form the foundation of our understanding of the role A1 dysfunction plays in NDG in MS.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».