Additional file 2 of Characterization of universal features of partially methylated domains across tissues and species
Notice bibliographique
Résumé
Additional file 2: Figure S1. (A) HOX gene clusters display abnormally large, near-complete hypomethylated regions in non-PC samples. (B) Hypomethylation in non-PC samples is prevalent near centromeres and appears linked tosatellite repeat density. Figure S2. Pairwise Jaccard index of segmented PMDs in mouse PC samples. Figure S3. UCSC genome browser plot comparing CpG methylation levels (yellow) and PMD estimates (black) to the fraction of non-CpG cytosines in 50kb bin that display nonzero methylation levels (green andpink). Figure S4. Metagene plot of methylation level and CpG density as a function of distance from PMDboundary stratified by species. Figure S5. Histograms of CTCF bound site distances from PMDs. Figure S6. Retrotransposons at PMD boundaries are included/excluded in the PMD in a family-specific manner. Difference in observed/expected ratio for each family by species, with a zoom out showing that theyoungest Alu elements are excluded from PMDs more than the oldest Alu elements. Figure S7. Scatterplot of TCGA-reported primary tumor purity against number of basepairs segmented into PMDs. Figure S8. Top 6 most conserved mouse escapee genes and their methylation state in homologous regionsof human. Figure S9. Adjacent escapee genes showing differential escapee state in TCGA bladder cancer samples.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,019 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,005 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,860 | 0,237 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».