Additional file 1 of Consistent cord blood DNA methylation signatures of gestational age between South Asian and white European cohorts
Notice bibliographique
Résumé
Additional file1 Table S1. Quality controls for the inclusion/exclusion of samples and methylation probes. Table S2. Characteristics of CHILD and START epigenetic subsample vs. the overall cohort. Table S3. CpGs associated with gestational age in CHILD or START with FDR adjusted p-value < 0.05. Table S4. Measures of type I error inflation for EWAS association p-values in CHILD and START. Table S5. Significantly associated DMR identified in CHILD. Table S6. Significantly associated DMR identified in START. Table S7. Significantly enriched biological pathways for DMRs associated with chronological GA at birth in CHILD and START. Table S8. GWAS genes associated with T2D or GDM mapped to CpGs significantly associated with GA in START or CHILD. Table S9. Enrichment of GWAS genes associated with T2D or GDM using a two-sample binomial test. Table S10. Differences in gestational age, epigenetic gestational age and acceleration between studies or sex. Table S11. Associations between gestational age, epigenetic gestational age, acceleration of gestational age, and maternal and offspring characteristics in CHILD. Table S12. Associations between gestational age, epigenetic gestational age, acceleration of gestational age, and maternal and offspring characteristics in START
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,021 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,571 | 0,082 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».