Additional file 1 of A mouse model of ATRX deficiency with cognitive deficits and autistic traits
Notice bibliographique
Résumé
Additional file 1: Fig. S1. Validation of ATRX deletion in AtrxNEXCre female mice. A) ATRX immunofluorescence staining (red) of E13.5 control and AtrxNEXCre brain coronal cryosections. DAPI counterstaining is shown in blue. Scale bar, 570 μm. B) Magnified view of ATRX (top, red) and βIII-tubulin (bottom, green) staining in the developing cortical plate. Scale bar, 144 μm. C) ATRX (red) and DAPI (blue) staining in the cortex and hippocampus of AtrxNEXCre and control mice at P20. D) ATRX (red) and NeuN (green) staining in the cortex and hippocampus at P20. Cortex scale bar,100 μm and hippocampus scale bar, 400 μm. CA: cornu Ammonis, CP: cortical plate, Ctx: cortex, DG: dentate gyrus, GE: ganglionic eminence, LV: lateral ventricle, VZ: ventricular zone. eminence. Magnified images of cortical plate scale bar, 144 μm. VZ: ventricular zone, CP: cortical plate. Fig. S2. Spatial learning deficits in AtrxNexCre mice. A) Latency to find the platform during the training phase of the Morris water maze test shows that AtrxNEXCre male and female mice have impaired spatial learning (p<0.0001, F=3.630). B) AtrxNexCre mice spend less time swimming during the trials, reflecting their floating behaviour (p<0.0001, F=19.50) (Controlmale n=7, AtrxNEXCre male n=7, Controlfemale n=7, AtrxNEXCre female n=7). C) A 6-minute forced swim test revealed increased apathy in water for male mice (p=0.0292, F=2.028) (Controlmale n=15, AtrxNEXCre male n=12) and decreased apathy in female mice (p=0.0154, F=3.149, Controlfemale n=13, AtrxNEXCre female n=12). Sex discrimination index reveals sex differences in the forced swim test (p=0.0002, F=2.370). Error bars represent +/-SEM. Three-way ANOVA or Students t-test performed when appropriate (* p<0.05, ** p<0.001, ***p<0.0001). Fig. S3. Self injury and reduced olfaction in AtrxNEXCre mice. A) Example images of mice with evidence of self-injury caused by over-grooming. B) Male and female AtrxNEXCre mice spend less time sniffing the almond and banana odors during the olfaction test (p<0.0001, F=18.65; Controlmale n=17, AtrxNEXCre male n=14, Controlfemale n=13, AtrxNEXCre female n=13). C) Male and female mice of each genotype explored the three-chamber apparatus freely during the 10-minute habituation portion of the three-chamber assay (Controlmale: n=13, AtrxNEXCre male n=13, Controlfemale: n=13, AtrxNEXCre female n=11) (L= left side, C= center, R= right side). Error bars represent +/-SEM. Two-way Anova with Sidak post-hoc (*p<0.05, ** p<0.001, ***p<0.0001).
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,009 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,843 | 0,118 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».