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Enregistrement W6958564428 · doi:10.6084/m9.figshare.12942897.v1

First report of wasabi mottle virus causing ringspot and vein-clearing symptoms on wasabi (<i>Wasabia japonica</i>) in North America

2020· article· en· W6958564428 sur OpenAlexaboutno aff

Notice bibliographique

RevueFigshare · 2020
Typearticle
Langueen
DomaineChemistry
ThématiqueMolecular spectroscopy and chirality
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésAmpliconInoculationVirusPlant virusPrimer (cosmetics)Cultivar

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Symptoms of ringspots and vein-clearing were observed on wasabi (<i>Wasabia japonica</i> (Miq) Matsum) plants in three greenhouses in British Columbia during 2017. Ten indicator plant species, including four <i>Nicotiana</i> species, were inoculated with sap extracts from symptomatic leaves; after 4–11 days, necrotic lesions developed on all plants. Transmission electron microscopy revealed rod-shaped virions, 250–300 nm in length, in leaves of <i>N. occidentalis</i> and <i>N. clevelandii</i>. Total RNA from symptomatic wasabi tissues was used in RT-PCR with universal primers corresponding to five virus genera and specific primers for turnip ringspot virus and alfalfa mosaic virus. Amplicons ~400 bp in size were obtained with tobamovirus primer set TobN up3/TobN do4 and amplicons of ~300 and ~600 bp were obtained with ilarvirus primer set Ilar1F5/Ilar1R7. Sequencing and MegaBLAST (NCBI) query of the Ilar amplicons showed 99% identity to wasabi mottle virus (WMoV), a member of the genus <i>Tobamovirus</i>. Next-generation Sequencing confirmed WMoV as the only virus present in diseased plants. BC isolates (GenBank accession no. MK431779) showed 99.43% sequence identity to isolate ‘Alishan’ (GenBank accession no. KJ207375.1) and 98.62% identity to ‘Tochigi’ strain (GenBank accession no. AB017504.1). Mechanical inoculation of wasabi cultivars ‘Green Thumb’ and ‘Daruma’ produced ringspots and vein-clearing symptoms after 22–23 days on the former while the latter was asymptomatic, but WMoV was detected in all plants by RT-PCR. WMoV may have been introduced into Canada on imported infected ‘Green Thumb’ plants and subsequently spread through commercial vegetative propagation. The effects on yield or rhizome quality are yet unknown.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict), Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,070
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0160,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,021
Tête enseignante GPT0,241
Écart entre enseignants0,220 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2020
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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