An approximate maximum likelihood phylogenetic tree of sequenced streptomycetes (PDF)
Notice bibliographique
Résumé
This is the full scale phylogenetic tree described in the following manuscript submitted to Chemical Science: Formicamycins, antibacterial polyketides produced by Streptomyces formicae isolated from African Tetraponera plant-ants Zhiwei Qin1, John T Munnoch2, Rebecca Devine2, Neil A Holmes2, Ryan F Seipke3, Barrie Wilkinson1* and Matthew I Hutchings2* 1Department of Molecular Microbiology, John Innes Centre, Norwich Research Park, Norwich, NR4 7TJ, United Kingdom. 2School of Biological Sciences, University of East Anglia, Norwich Research Park, Norwich, NR4 7TJ, United Kingdom. 3School of Molecular and Cellular Biology, Astbury Centre for Structural Molecular Biology, University of Leeds, Leeds, LS2 9JT, United Kingdom. *Contact: m.hutchings@uea.ac.uk or @matthutchings10 and barrie.wilkinson@jic.ac.uk Legend: An approximate maximum likelihood phylogenetic tree of sequenced streptomycetes. A phylogeny was inferred for Mycobacterium tuberculosis and 573 sequenced streptomycetes based on concatenated partial sequences for atpD-rpoB. FastTree local support values are indicated at each node. The scale bar shown indicates 6% estimated sequence divergence. The phylogenetic tree can also be downloaded in Nerwick format from FigShare at: https://dx.doi.org/10.6084/m9.figshare.3507536.v1.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,011 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,004 | 0,009 |
| Études des sciences et des technologies | 0,003 | 0,001 |
| Communication savante | 0,004 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,003 | 0,004 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,069 | 0,049 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».