Notice bibliographique
Résumé
<p>We apply our method to analyze 59 influenza viruses based on their whole genomes. The natural vector and the hierarchical clustering methods are used to reconstruct the phylogenetic tree for nucleotide sequences of the whole genome sequences of selected influenza viruses. The selected viruses are chosen to be representative from among all available relevant sequences in GenBank. Sequences have both high and low divergence to avoid biasing the distribution of branch lengths. Strains are representative of the major gene lineages from different hosts. The robustness of individual nodes of the tree is assessed using a bootstrap resampling analysis with 1000 replicates shown in <a href="http://www.plosone.org/article/info:doi/10.1371/journal.pone.0017293#pone.0017293.s001" target="_blank">Supporting Information S1</a>. From this figure, we can clearly see that new influenza A (H1N1) viruses originate from North American triple-reassortant swine virus and Eurasian classical swine virus lineage. We note that (A/swine/Nakhon pathom/NIAH586-1/2005(H3N2)), (A/duck/Nanchang/4-165/2000(H4N6)) and American avian (A/blue-winged teal/Ohio/1864/2006(H3N8)) are not clustered with A (H1N1) genomes from the same geographical regions respectively. This result is caused by the different structures of these genomes and the traditional A (H1N1) subtypes. In addition, we check the distance matrix of these genomes obtained by natural vectors and the result shows that (A/duck/Nanchang/4-165/2000(H4N6)) is the closest to A/duck/NY/185502/2002(H5N2). Meanwhile, A/blue-winged teal/Ohio/1864/2006(H3N8) is the closest to A/chicken/Korea/ES/03(H5N1) and A/egret/Hong Kong/757.2/2003(H5N1) respectively, which means that A/blue-winged teal/Ohio/1864/2006(H3N8) is evolutionary related with H5N1 avian virus outbreak in Asian countries from 2003 to 2006. As for A/swine/Nakhon pathom/NIAH586-1/2005(H3N2), it is the closest to A/swine/Tianjin/01/2004(H1N1) and then to A/swine/Ontario/55383/04(H1N2) with and A/swine/OH/511445/2007(H1N1). This H3N2 is the closest related to Eurasian swine even if it is clustered within American swine clade (The large distance matrix data is not shown and available upon request).</p>
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,778 | 0,006 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; les deux têtes enseignantes s’accordent sur ce qui est montré ici.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».