Notice bibliographique
Résumé
This release makes the potential frameshift introducing filter for variant calling results optional and off by default. Added [config] filter_frameshift_variants pipeline parameter (default: false) for optionally filtering potential frameshift introducing variants from the TVC variant calling results prior to consensus sequence generation. Changes [docs] Updated README.md and citation information. [update] Use TVC Flow Evaluator calculated allele fraction (AF) for computing GT in Bcftools filtered VCF instead of observation based counts. Fixed [fix] Turned off potential frameshift variant filtering leading to inaccurate consensus sequences. [fix] Removed git diff action from docker.yml since features are unsupported by GHA. What's Changed Fix aggressive frameshift variant filtering by @peterk87 in https://github.com/CFIA-NCFAD/nf-ionampliseq/pull/3 Release 2.0.1 by @peterk87 in https://github.com/CFIA-NCFAD/nf-ionampliseq/pull/4 Full Changelog: https://github.com/CFIA-NCFAD/nf-ionampliseq/compare/2.0.0...2.0.1
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,006 | 0,026 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,004 | 0,005 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,003 | 0,004 |
| Bibliométrie | 0,004 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,003 | 0,001 |
| Communication savante | 0,007 | 0,006 |
| Science ouverte | 0,008 | 0,006 |
| Intégrité de la recherche | 0,005 | 0,006 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,436 | 0,529 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».