Carbapenem-resistantAcinetobacter baumanniiat a hospital in Botswana: Detecting a protracted outbreak using whole genome sequencing
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii (CRAb) has emerged as a major and often fatal cause of bloodstream infections among hospitalized patients in low- and middle-income countries (LMICs). CRAb outbreaks are hypothesized to arise from reservoirs in the hospital environment, but outbreak investigations in LMICs are seldom able to incorporate whole genome sequencing (WGS) due to resource limitations. We performed WGS at the National Institute for Communicable Diseases (Johannesburg, South Africa) on stored A. baumannii isolates (n=43) collected during 2021–2022 from a 530-bed referral hospital in Gaborone, Botswana where CRAb infection incidence was noted to be rising. This included blood culture isolates from patients (aged 2 days – 69 years), and environmental isolates collected at the hospital's 33-bed neonatal unit. Multilocus sequence typing (MLST), antimicrobial/biocide resistance gene identification, and phylogenetic analyses were performed using publicly accessible analysis pipelines. Single nucleotide polymorphism (SNP) matrices were used to assess clonal lineage. MLST revealed 79% of isolates were sequence type 1 (ST1), including all 19 healthcare-associated blood isolates and three out of five environmental isolates. Genes encoding for carbapenemases ( bla NDM-1 , bla OXA-23 ) and biocide resistance ( qacE ) were present in all 22 ST1 isolates. Phylogenetic analysis of the ST1 clade demonstrated spatial clustering by hospital unit. Nearly identical isolates spanned wide ranges in time (>1 year), suggesting ongoing transmission from environmental sources. One highly similar clade (average difference of 2.3 SNPs) contained all eight neonatal blood isolates and three environmental isolates from the neonatal unit. These results were critical in identifying environmental reservoirs (e.g. sinks) and developing remediation strategies. Using a phylogenetically informed approach, we also identified diagnostic genes useful for future tracking of outbreak clones without the need for WGS. This work highlights the power of South-South and South-North partnerships in building public health laboratory capacity in LMICs to detect and contain the spread of antimicrobial resistance.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».