Additional file 1 of Modeling methyl-sensitive transcription factor motifs with an expanded epigenetic alphabet
Notice bibliographique
Résumé
Additional file 1: Fig. S1. Stepwise epigenetic modification of cytosine. Fig. S2. Relationship between unmodified versus modified motif statistical significance of central enrichment (from CentriMo [53]) and modified base calling thresholds across different whole genome bisulfite sequencing (WGBS) and oxidative WGBS (oxWGBS) specimens, in mice [48]. Fig. S3. Relationship between unmodified versus modified ZFP57 statistical significance of central enrichment (from CentriMo [53]) and modified base calling thresholds across different WGBS and oxWGBS specimens, in mice [48]. Fig. S4. Relationship between unmodified versus modified C/EBPβ statistical significance of central enrichment (from CentriMo [53]) and modified base calling thresholds across different WGBS and oxWGBS specimens, in mice [48]. Fig. S5. ZFP57 (Strogantsev et al. [20] CB9; 56 142 ChIP-seq peaks) CentriMo analysis of de novo and JASPAR motifs (Methods). Fig. S6. CentriMo [53] results for OCT4 cleavage under targets and release using nuclease (CUT&RUN) in mouse embryonic stem cells (mESCs). Fig. S7. Modified versus unmodified motifs, combining score and cluster information, for a wide array of transcription factors.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,891 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».