A droplet digital polymerase chain reaction assay to detect rare helminth parasites infecting natural host populations (Vancouver Island 2023, University of Wisconsin Madison Laboratory colony 2024)
Notice bibliographique
Résumé
Helminth infections represent a significant challenge to human, livestock, and wildlife health, yet they remain relatively under-studied, especially in terms of their ecological impacts. Better understanding of how these parasites spread in wildlife populations could improve our ability to predict and manage disease transmission across various species. Traditional detection methods, such as visually identifying parasites in environmental samples or infected hosts, often fall short, especially during the early stages of infection when parasite loads are minimal. In this study, we introduce a highly sensitive and precise droplet digital PCR (ddPCR) assay that quantifies helminth DNA in aquatic habitats, focusing on the 18S rRNA gene as a marker. These data utilize the model host-parasite system between the tapeworm Schistocephalus solidus, and its cyclopoid copepod host, Acanthocyclops robustus. The molecular assays are built around creating an infection standard in the lab, where copepods were singly infected with a single tapeworm parasite. We extracted DNA from 100 infected adults and used this as a standard to translate gene copy numbers from the ddPCR reactions to actual animal values. After creating a known lab standard, we then use the generated probes and primers to detect (and quantify!) infection burdens in field samples, which include both water filter samples (eDNA) and zooplankton tows from several lakes around Vancouver Island, B.C. The data presented here include well-specific data from ddPCR runs (amplitude of individual level oil droplets in the reaction) as well as each ddPCR analysis in its entirety. In order to prove the specificity of probes and probe-primers, we include here ddPCR runs of closely related helminth species, Schistocephalus cotti and Schistocephalus pungitii. We also consider the binding to another genera of copepod, the calanoid Eurytomora. All of the data wrangling, analysis, and data visualization are included as .Rmd files in the "Other Entities" section.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».