Additional file 1 of Metabolic switching, growth kinetics and cell yields in the scalable manufacture of stem cell-derived insulin-producing cells
Notice bibliographique
Résumé
Additional file 1. Figure S1: Morphology, doubling times and representative flow cytometry plots during the first four stages of differentiation. (A) Representative morphology of the cell monolayer from S1D3 to S4D3, scale bar= 500 µm. (B) Quantification of stage-specific doubling time, where a negative value indicates a decline in the cell population (n= 13-15 biological replicates; box and whisker plots show individual points with median and interquartile range, one-way ANOVA with Tukey post-test). (C) Viability of undifferentiated ESCs (n= 22 independent replicates). (D) Representative flow cytometry plots of ES, S1D3 cells showing gating strategy using the appropriate isotype controls (blue). (E) Viability of lifted S4D3 cells (n= 22 independent replicates). (F) Representative flow cytometry plots of S4D3 and S4D4 cells showing gating strategy using the appropriate isotype controls (blue). (G) Aggregation efficiency of AggreWellTM vs. PBS-Mini. The lines indicate paired experiments using the same input S4D3 cells to seed both AggreWellTM and PBS-Mini (paired two-tailed t-test; n= 8 biological replicates note that one AggreWellTM point is repeated from Fig. 1K for comparison). (H) Morphology and diameter of S4D4 aggregates formed with PBS-Minis using the indicated seeding density, scale bar= 500 µm (n= 399-479 aggregates/group; plot shows individual aggregates with median and interquartile range). S1D3 = stage 1 day 3, S2D3 = stage 2 day 3, S3D2 = stage 3 day 2, S4D3 = stage 4 day 3, S4D4 = stage 4 day 4
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,004 | 0,017 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,800 | 0,197 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».