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Enregistrement W6981594924

Estimate of mismatch repair deficient pancreatic cancer in patients enrolled in the Quebec Pancreas Cancer Study

2019· dissertation· en· W6981594924 sur OpenAlexaboutno aff

Notice bibliographique

RevueeScholarship@McGill (McGill) · 2019
Typedissertation
Langueen
DomaineEconomics, Econometrics and Finance
ThématiqueOccupational and Professional Licensing Regulation
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésPancreatic cancerCancerDNA mismatch repairPancreasPancreatectomy
DOInon disponible

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

'adénocarcinome du pancréas (PAC) a un taux de survie à 5 ans de seulement 8%. Malgré des décennies de recherche, les options de traitement pour la PAC sont limitées. À l'époque de la médecine génomique, l'identification des sous-types génomiques pouvant être utiles pour individualiser le traitement et améliorer les taux de survie pour les patients suscite un intérêt croissant. L’utilisation de l’immunothérapie est une nouvelle approche particulièrement efficace pour le traitement de certains types de cancers. En général, les tumeurs du pancréas sont considérées résistantes aux traitements à médiation immunitaire. Cependant, les tumeurs pancréatiques ayant un déficit en réparation de l’ADN, appelé déficit de réparation des mésappariements (MMR-d), et/ou l'instabilité des microsatellites (MSI) semblent être susceptible à certaines immunothérapies. Les tumeurs du pancréas sont rarement testées pour la déficience de MMR, ce qui fait que les tests ne sont ni systématiques, ni normalisés. Par conséquent, le taux de MMR-d dans les cancers du pancréas n’est pas bien caractérisé. Alors que certaines études estiment que la fréquence du MMR-d dans le PAC est aussi élevée que 22%, d’autres n’ont démontré que 0,3%. En prenant en compte les données publiées et les tests de façon ad hoc au CUSM, nous avons émis une hypothèse que l’incidence du MMR-d dans le PAC se rapprochait de 1%, comme l’avaient estimé des études à grande échelle mettant en œuvre une technologie de séquençage. Cette étude a completé une estimation du taux de prévalence de MMR-d en étudiant, de manière rétrospective, des cas de PDAC inscrit à l’Étude Québécoise sur le Cancer du Pancréas. Des microréseaux de tissues tumoraux (TMA) ont été construits à partir d'échantillons de tissus fixés au formol et inclus dans de la paraffine (FFPE) chez 97 patients atteints le PAC. L’immunohistochimie (IHC) des TMA pour les protéines MLH1, MSH2, MSH6 et PMS2 a révélé 4 patients avec une absence de coloration pour au moins une protéine testée représentant 4,4% des cas (IC à 95% 0,2% à 8,7%). Cependant, après confirmation sur des sections entières, un seul patient a été confirmé MMR-d, avec les trois cas restants présentant une coloration hétérogène avec une coloration nucléaire intacte dans la majorité des cellules canalaires et des régions plus petites présentant une absence complète de coloration. Malgré le caractère hétérogène, ces cas seraient considérés comme compétents en MMR et par conséquent, nous estimons que la prévalence du MMR-d dans la PAC est d'environ 1,1% (IC à 95% de 0 à 3,3%). Le schéma de coloration hétérogène observé peut expliquer les estimations élevées de la prévalence du MMR-d dans des études antérieures utilisant l’IHC sur des TMA sans méthode de confirmation secondaire. Il n’est pas clair si cette hétérogénéité reflète une limitation technique de l’IHC ou une hétérogénéité de la tumeur avec un sous-ensemble de cellules tumorales présentant une déficience en MMR et d’autres avec un system de réparation intacte. En raison des limitations techniques d'IHC et de MSI, des études récentes ont mis en œuvre des tests comprenant un panneau de gènes ou un séquençage du génome entier afin d'estimer la prévalence du MMR-d dans le PAC. Ces études ont obtenu des résultats similaires aux nôtres avec une prévalence estimée du MMR-d d'environ 1%. Malgré la faible prévalence du MMR-d dans le PAC, un test de réflexe clinique peut toujours être justifié, car l'identification de tels patients a plusieurs implications importantes. Ceux-ci incluent la possibilité d'un traitement par immunothérapie, l'identification de membres de la famille à risque et le dépistage subséquent de ces patients pour la prévention et la détection précoce des tumeurs malignes associées au syndrome de Lynch

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,004
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,032
Score d'incertitude au seuil0,076

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,004
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0010,002
Études des sciences et des technologies0,0010,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0060,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,021
Tête enseignante GPT0,268
Écart entre enseignants0,246 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2019
Routes d'admission1
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