Estimate of mismatch repair deficient pancreatic cancer in patients enrolled in the Quebec Pancreas Cancer Study
Bibliographic record
Abstract
'adénocarcinome du pancréas (PAC) a un taux de survie à 5 ans de seulement 8%. Malgré des décennies de recherche, les options de traitement pour la PAC sont limitées. À l'époque de la médecine génomique, l'identification des sous-types génomiques pouvant être utiles pour individualiser le traitement et améliorer les taux de survie pour les patients suscite un intérêt croissant. L’utilisation de l’immunothérapie est une nouvelle approche particulièrement efficace pour le traitement de certains types de cancers. En général, les tumeurs du pancréas sont considérées résistantes aux traitements à médiation immunitaire. Cependant, les tumeurs pancréatiques ayant un déficit en réparation de l’ADN, appelé déficit de réparation des mésappariements (MMR-d), et/ou l'instabilité des microsatellites (MSI) semblent être susceptible à certaines immunothérapies. Les tumeurs du pancréas sont rarement testées pour la déficience de MMR, ce qui fait que les tests ne sont ni systématiques, ni normalisés. Par conséquent, le taux de MMR-d dans les cancers du pancréas n’est pas bien caractérisé. Alors que certaines études estiment que la fréquence du MMR-d dans le PAC est aussi élevée que 22%, d’autres n’ont démontré que 0,3%. En prenant en compte les données publiées et les tests de façon ad hoc au CUSM, nous avons émis une hypothèse que l’incidence du MMR-d dans le PAC se rapprochait de 1%, comme l’avaient estimé des études à grande échelle mettant en œuvre une technologie de séquençage. Cette étude a completé une estimation du taux de prévalence de MMR-d en étudiant, de manière rétrospective, des cas de PDAC inscrit à l’Étude Québécoise sur le Cancer du Pancréas. Des microréseaux de tissues tumoraux (TMA) ont été construits à partir d'échantillons de tissus fixés au formol et inclus dans de la paraffine (FFPE) chez 97 patients atteints le PAC. L’immunohistochimie (IHC) des TMA pour les protéines MLH1, MSH2, MSH6 et PMS2 a révélé 4 patients avec une absence de coloration pour au moins une protéine testée représentant 4,4% des cas (IC à 95% 0,2% à 8,7%). Cependant, après confirmation sur des sections entières, un seul patient a été confirmé MMR-d, avec les trois cas restants présentant une coloration hétérogène avec une coloration nucléaire intacte dans la majorité des cellules canalaires et des régions plus petites présentant une absence complète de coloration. Malgré le caractère hétérogène, ces cas seraient considérés comme compétents en MMR et par conséquent, nous estimons que la prévalence du MMR-d dans la PAC est d'environ 1,1% (IC à 95% de 0 à 3,3%). Le schéma de coloration hétérogène observé peut expliquer les estimations élevées de la prévalence du MMR-d dans des études antérieures utilisant l’IHC sur des TMA sans méthode de confirmation secondaire. Il n’est pas clair si cette hétérogénéité reflète une limitation technique de l’IHC ou une hétérogénéité de la tumeur avec un sous-ensemble de cellules tumorales présentant une déficience en MMR et d’autres avec un system de réparation intacte. En raison des limitations techniques d'IHC et de MSI, des études récentes ont mis en œuvre des tests comprenant un panneau de gènes ou un séquençage du génome entier afin d'estimer la prévalence du MMR-d dans le PAC. Ces études ont obtenu des résultats similaires aux nôtres avec une prévalence estimée du MMR-d d'environ 1%. Malgré la faible prévalence du MMR-d dans le PAC, un test de réflexe clinique peut toujours être justifié, car l'identification de tels patients a plusieurs implications importantes. Ceux-ci incluent la possibilité d'un traitement par immunothérapie, l'identification de membres de la famille à risque et le dépistage subséquent de ces patients pour la prévention et la détection précoce des tumeurs malignes associées au syndrome de Lynch
Fetched live from OpenAlex and de-inverted. Abstracts are not stored in this database: the inverted indexes are 8.6 GB of the frame’s 9.3 GB of text, and the host has 13 GB free.
How this classification was reachedexpand
Full frame machine prediction
Teacher imitationNot calibrated prevalence, not ground truth. Human validation pending. The Gemma side is a direct model label for every work in the frame, read from the title-only record. The Codex side is a classifier learned from the 10,348 direct Codex labels and calibrated to design-weighted sample rates; fields without enough sample support carry no Codex call. Candidate is the union of the two sides; consensus is their intersection. These outputs are machine_predicted_unvalidated and are not human labels.
Distilled classifier scores by category (both heads)
| Category | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Metaresearch | 0.001 | 0.004 |
| Meta-epidemiology (narrow) | 0.000 | 0.000 |
| Meta-epidemiology (broad) | 0.001 | 0.001 |
| Bibliometrics | 0.001 | 0.002 |
| Science and technology studies | 0.001 | 0.000 |
| Scholarly communication | 0.001 | 0.000 |
| Open science | 0.001 | 0.001 |
| Research integrity | 0.001 | 0.001 |
| Insufficient payload (model declined to judge) | 0.006 | 0.000 |
Machine scores (provisional)
The two teacher heads of the student model, read on this work. A score orders the frame for review; it never asserts a category, and the validation status ships verbatim with every row.
Baseline scores from an immature model (maturity gate not passed, 7 training rounds). Scores rank; they never assert a category.
score_only:v0-immature-baseline · verbatim from the scoring run: score_only means the number may rank works, and no category label ships from itClassification
machine, unvalidatedMachine predicted; a candidate call from one source (direct Gemma or distilled Codex), not a consensus.
How this classification was reached, model by model and score by score, is at the end of the page under "How this classification was reached".