Exploration du potentiel bicodant du gène PIDD1 humain : caractérisation du produit de l'ORF non-annoté altPIDD1
Notice bibliographique
Résumé
Typiquement, les gènes humains sont annotés comme codants pour une seule protéine et des isoformes potentielles. Toutefois, les avancées récentes en protéogénomique ont permis l’identification de protéines non-annotées provenant de gènes bi-codants. La découverte de ceux-ci est nécessaire à la compréhension complète du génome humain et des pathologies sous-jacentes. Nous présentons PIDD1 comme nouveau gène bicodant, exprimant à la fois la protéine putative PIDD1 et un ORF précédemment non-annoté (altORF): altPIDD1. \n \nOpenProt est une ressource protéogénomique qui répertorie les protéines encodées dans des ORFs de 30 codons et plus. Celle-ci attribue des évidences expérimentales à l'expression de ceux-ci par l'analyse de données publiques de spectrométrie de masse et de profilage ribosomal. OpenProt a permis l’identification de PIDD1 comme candidat d’étude; une deuxième protéine jusqu’alors inconnue, altPIDD1, a plus d’évidences d’expression que la protéine putative PIDD1. \n \nChez l’humain, le site d'initiation de la traduction d’altPIDD1 est situé 31 nucléotides (nt) en amont de celui de PIDD1. L'altORF de 516 nt est encodé dans un cadre de lecture décalé par rapport à PIDD1 et les deux ORFs se chevauchent sur 485 nt. De plus, les ORFs en amont sont connus pour avoir un potentiel traductionnel élevé. En tenant compte de ces informations et des évidences fournies par OpenProt, nous avons décidé d'étudier le potentiel bicodant du gène PIDD1. \n \nNotre étude montre que PIDD1 est effectivement un gène bicodant, avec la protéine alternative de 171 acides aminés altPIDD1 exprimée environ 40 fois plus que PIDD1. PIDD1 est une protéine localisée au cytoplasme et au centrosomes, avec comme fonction principale l’activation de la caspase-2 ou NEMO. AltPIDD1 est distincte de PIDD1, et est une protéine stable localisée au cytoplasme et dans des structures spécifiques de migration cellulaire à base d’actine : les fibres de stress et les lamellipodes. De plus, altPIDD1 interagit avec des protéines liées à la régulation de ces structures, dont ERK2. \n \nLa fonction exacte d’altPIDD1 est encore inconnue, mais est probablement reliée à un processus cellulaire dépendant de l'actine. Nous espérons que la découverte d'altPIDD1 contribuera à faire la lumière sur les pathologies liées à PIDD1, telles que le cancer, la déficience intellectuelle et la neurodégénérescence.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,002 |
| Communication savante | 0,000 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».