Exploration du potentiel bicodant du gène PIDD1 humain : caractérisation du produit de l'ORF non-annoté altPIDD1
Bibliographic record
Abstract
Typiquement, les gènes humains sont annotés comme codants pour une seule protéine et des isoformes potentielles. Toutefois, les avancées récentes en protéogénomique ont permis l’identification de protéines non-annotées provenant de gènes bi-codants. La découverte de ceux-ci est nécessaire à la compréhension complète du génome humain et des pathologies sous-jacentes. Nous présentons PIDD1 comme nouveau gène bicodant, exprimant à la fois la protéine putative PIDD1 et un ORF précédemment non-annoté (altORF): altPIDD1. \n \nOpenProt est une ressource protéogénomique qui répertorie les protéines encodées dans des ORFs de 30 codons et plus. Celle-ci attribue des évidences expérimentales à l'expression de ceux-ci par l'analyse de données publiques de spectrométrie de masse et de profilage ribosomal. OpenProt a permis l’identification de PIDD1 comme candidat d’étude; une deuxième protéine jusqu’alors inconnue, altPIDD1, a plus d’évidences d’expression que la protéine putative PIDD1. \n \nChez l’humain, le site d'initiation de la traduction d’altPIDD1 est situé 31 nucléotides (nt) en amont de celui de PIDD1. L'altORF de 516 nt est encodé dans un cadre de lecture décalé par rapport à PIDD1 et les deux ORFs se chevauchent sur 485 nt. De plus, les ORFs en amont sont connus pour avoir un potentiel traductionnel élevé. En tenant compte de ces informations et des évidences fournies par OpenProt, nous avons décidé d'étudier le potentiel bicodant du gène PIDD1. \n \nNotre étude montre que PIDD1 est effectivement un gène bicodant, avec la protéine alternative de 171 acides aminés altPIDD1 exprimée environ 40 fois plus que PIDD1. PIDD1 est une protéine localisée au cytoplasme et au centrosomes, avec comme fonction principale l’activation de la caspase-2 ou NEMO. AltPIDD1 est distincte de PIDD1, et est une protéine stable localisée au cytoplasme et dans des structures spécifiques de migration cellulaire à base d’actine : les fibres de stress et les lamellipodes. De plus, altPIDD1 interagit avec des protéines liées à la régulation de ces structures, dont ERK2. \n \nLa fonction exacte d’altPIDD1 est encore inconnue, mais est probablement reliée à un processus cellulaire dépendant de l'actine. Nous espérons que la découverte d'altPIDD1 contribuera à faire la lumière sur les pathologies liées à PIDD1, telles que le cancer, la déficience intellectuelle et la neurodégénérescence.
Fetched live from OpenAlex and de-inverted. Abstracts are not stored in this database: the inverted indexes are 8.6 GB of the frame’s 9.3 GB of text, and the host has 13 GB free.
How this classification was reachedexpand
Full frame distilled prediction
Teacher imitationNot calibrated prevalence, not ground truth. Human validation pending. Learned from the 10,348 direct Codex labels and 10,348 direct Gemma labels. Candidate is the union of thresholded teacher heads; consensus is their intersection. These outputs are machine_predicted_unvalidated and are not human labels or direct frontier model labels.
Codex and Gemma teacher scores by category
| Category | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Metaresearch | 0.001 | 0.000 |
| Meta-epidemiology (narrow) | 0.001 | 0.000 |
| Meta-epidemiology (broad) | 0.001 | 0.001 |
| Bibliometrics | 0.000 | 0.000 |
| Science and technology studies | 0.001 | 0.002 |
| Scholarly communication | 0.000 | 0.001 |
| Open science | 0.001 | 0.000 |
| Research integrity | 0.000 | 0.000 |
| Insufficient payload (model declined to judge) | 0.002 | 0.001 |
Machine scores (provisional)
The two teacher heads of the student model, read on this work. A score orders the frame for review; it never asserts a category, and the validation status ships verbatim with every row.
Baseline scores from an immature model (maturity gate not passed, 7 training rounds). Scores rank; they never assert a category.
score_only:v0-immature-baseline · verbatim from the scoring run: score_only means the number may rank works, and no category label ships from itClassification
machine, unvalidatedMachine predicted; a candidate call from one teacher head, not a consensus.
How this classification was reached, model by model and score by score, is at the end of the page under "How this classification was reached".