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Enregistrement W6983491411

Molecular dissection of the functional specificity of glycophosphatidylinositol anchors

2007· dissertation· en· W6983491411 sur OpenAlexaff

Notice bibliographique

RevueeScholarship@McGill (McGill) · 2007
Typedissertation
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueMonoclonal and Polyclonal Antibodies Research
Établissements canadiensMcGill University
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésCellSignal transductionSignal peptidePeptide sequenceCarcinoembryonic antigenFunction (biology)Cell adhesion moleculeImmunoglobulin superfamilyAmino acidPlasma protein binding
DOInon disponible

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Carcinoembryonic antigen (CEA) is a cell surface protein attached to the membrane by a glycophosphatidylinositol (GPI) anchor, a common modification of cell surface proteins.CEA is overexpressed in many human cancers, and plays a role in tumor progression through its ability to activate certain integrins, thereby blocking cellular differentiation, inhibiting anoikis, and disrupting normal tissue architecture.Previous work established that the CEA GPI anchor contains important and specific information directing these functions, which served as the basis for an investigation of the underlying mechanisms involved.The ability of the GPI anchor to determine protein function was examined using a chimera that consisted of the CEA GPI anchor attached to neural cell adhesion molecule (NCAM) self-adhesive external domains; this chimera, NCB, possessed CEA-like, rather than NCAM-like, functions.The CEA anchor targets the protein to specific domains on the cell surface, resulting in an association with specific signaling molecules.This targeting was employed to modify CEA function, as the presence of a protein with non-functional external domains but the same anchor led to a complete and specific loss of biological function of the CEA-like protein.GPI anchor addition is determined by a specific carboxy-terminal signal sequence, which we hypothesized contained information directing the addition of a particular GPI anchor with functional specificity.To identify this signal, chimeras were generated exchanging amino acids in this signal sequence between CEA and NCAM, a protein with different functional properties.A stretch of 6 amino acids within the signal sequence was found to be necessary and sufficient for the addition of the CEA-specific anchor.Since this region is well conserved, but not identical, in the CEA family members CC6 and CC7, we examined whether these proteins were also attached to the same GPI anchors.Surprisingly, while the anchors of these proteins are functionally equivalent to that of CEA, they are not completely identical.This work therefore explores the molecular basis for functional specificity of GPI anchors, demonstrating how specificity of GPI-anchored proteins is determined and the resulting functional consequences, while offering a novel method to inhibit the function of proteins with this type of anchorage.ii Résumé de Thèse L'antigène carcinoembryonnaire humain (CEA) est un membre d'une famille de protéines de surface cellulaire fixées à la membrane par un ancrage glycophosphatidylinositol (GPI), une modification commune des protéines de la membrane plasmique.CEA est surexprimé dans plusieurs cancers humains et joue un rôle dans la progression tumorale par sa capacité à activer certaines intégrines, bloquant de ce fait la différentiation cellulaire et l'anoikis, et perturbant l'architecture tissulaire normale.Plusieurs recherches antérieures ont établi que l'ancre GPI de CEA contient de l'information importante et spécifique dirigeant ces fonctions.Ces travaux ont servi de base pour l'étude biologique et moléculaire des mécanismes impliqués.Afin de démontrer les fonctions biologiques de CEA, nous avons étudié les capacités de l'ancre GPI à modifier la fonction des protéines en utilisant une protéine hybride (NCB) composée de l'ancre GPI de CEA attachée aux domaines externes auto-adhésifs de la molécule d'adhésion cellulaire neuronale (NCAM).La protéine chimérique NCB possède des fonctions similaires à CEA.L'ancre de CEA cible la protéine à des domaines spécifiques de la surface cellulaire, ce qui mène à l'association de la protéine avec des éléments de signalisation spécifiques.Ce ciblage a été utilisé pour modifier la fonction de CEA, car la présence d'une protéine dont les domaines extracellulaires sont non fonctionnels, mais dont l'ancre est la même, a causé la perte complète et spécifique des fonctions biologiques de NCB.L'ajout d'ancres GPI est déterminé par une séquence spécifique située à l'extrémité carboxyle-terminale.Nous avons présumé que cette séquence contiendrait l'information nécessaire à l'addition sélective d'une ancre GPI de fonction spécifique.Afin d'identifier ce signal, des protéines hybrides ont été produites en échangeant des acides aminés entre CEA et NCAM, deux protéines de fonctions distinctes.La caractérisation de ces hybrides a démontré que l'ajout de l'ancre spécifique de CEA est déterminé par une séquence nécessaire et suffisante de 6 acides aminés.Puisque cette région est bien conservée, mais non identique, chez les membres CC6 et CC7 de la famille CEA, nous avons mené des recherches pour déterminer si ces protéines sont également fixées à la même ancre GPI.Quoique les ancres de ces protéines soient équivalentes à celle de CEA en termes de fonction, elles ne sont pas complètement identiques.Cette thèse présente de nouvelles informations sur la spécificité fonctionnelle des ancres GPI, en démontrant comment leur spécificité est déterminée.iii Ce travail discute les conséquences fonctionnelles des ancres GPI et présente une nouvelle méthode pour altérer la fonction de protéines associées à ce type d'ancrage.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,003

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,021
Tête enseignante GPT0,290
Écart entre enseignants0,269 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2007
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