Spliced leader (SL) «trans»-splicing in the ascidian tunicate «Ciona intestinalis»: molecular characterization of the SL RNA
Notice bibliographique
Résumé
I initially set out to identify the cap structure on the spliced leader RNA of Ciona intestinalis.During this investigation, I discovered a previously unobserved 53 nt transcript containing the spliced leader sequence.This transcript contained the usual metazoan spliced leader RNA cap, trimethylguanosine, while the canonical spliced leader RNA lacked this moiety, but likely contained a m 7 G cap.The cap structure of the trans-spliced troponin I mRNA matched that of the canonical spliced leader RNA, indicating that the canonical spliced leader RNA, not the 53 nt transcript, is the donor for troponin I. Further immunoprecipitation studies showed that both the canonical spliced leader RNA and the novel 53 nt transcript exist in association with Sm proteins.I cloned a genomic DNA segment containing four tandem repeats of the spliced leader RNA gene, and this was used as a probe in an in situ hybridization study that showed the vast majority of the spliced leader RNA genes reside on chromosome 8.Finally, I performed some preliminary work showing that outrons, the 5"segments of pre-mRNAs removed by trans-splicing, may exist in sufficient quantities as to be detected by PCR amplification.ABSTRAIT Au d"part, j'ai entrepris d"identifier la structure coiffe de l"ARN spliced leader de Ciona intestinalis.Durant cette recherche, j'ai dcouvert un nouveau transcript d"RN de 53 nt qui contient la squence spliced leader.Ce transcrit contient la coiffe usuele des ARNs spliced leader des mtazoaires, le trimethylguanosine, tandis que l"ARN spliced leader canonique ne possde pas cette modification, mais contient, fort probablement, une coiffe m 7 G. La structure de la coiffe de l"ARNm de la troponine I trans-piss correspond celle de l"ARN spliced leader canonique, indiquant que l"ARN spliced leader est le donneur pour la troponine I, et non l"ARN de 53 nt.Des tudes d'immunoprcipitation supplmentaires ont montr que l"ARN spliced leader canonique et le nouvel ARN de 53 nt existent en association avec des protines Sm.J'ai clon une sequence d"ADN gnomique contenant quatre repetitions en tandem du gne l"ARN spliced leader.Ce clone a t utilis comme sonde lors d"une experience d"hybridation in situ qui a montr que la grande majorit des gnes l"ARN spliced leader rside sur le chromosome 8.Finalement, j'ai effectu une tude prliminaire montrant que les outrons, les segments 5' des ARNs pr-messagers enlevs par le trans-pissage, existent en quantit suffisante et peuvent tre dtect par l'amplification PCR.
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Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
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