Demande d’évaluation du rôle épidémiologique du renard dans la transmission de la tuberculose bovine: Avis de l’Anses - Rapport d’expertise collective
Notice bibliographique
Résumé
Par courrier du 26 juillet 2018, l’Anses a été saisie d’une « demande d’évaluation du rôle épidémiologique du renard dans la transmission de la tuberculose bovine (TB) ».Cette saisine s’inscrit dans le contexte de la TB chez les bovins et dans la faune sauvage, notamment chez les blaireaux, objets de la saisine 2016-SA-0200. Cette problématique implique différents acteurs, en particulier éleveurs, chasseurs, piégeurs et associations de protection de la faune sauvage. Suite à la découverte de quatre renards infectés en Dordogne en 2015, une étude a été conduite autour de ces cas sur « l’épidémiologie et la pathologie de la TB chez le renard ». Cette étude a mis en évidence, pour 2017, un taux d’infection de l’ordre de 6 % sur un échantillon de 189 renards prélevés en zone infectée de Dordogne, par détection par PCR sur des pools de broyats de nœuds lymphatiques (NL), des expectorations, des fèces et des urines.A la date de réception de la saisine, la partie de cette étude portant sur les voies d’excrétion de Mycobacterium bovis par les renards était en cours. La mise en place de deux études complémentaires, une étude épidémiologique élargie à d’autres zones de Dordogne et d’autres départements infectés de TB, et une infection expérimentale de renards en captivité, avaient également été initiées. Selon la saisine, les résultats de ces études devaient être disponibles enseptembre et décembre 2018.En pratique, les résultats des études n’étant pas disponibles dans les délais indiqués, le traitement de la saisine a été suspendu jusqu’à leur obtention en février 2020.Selon les termes de la saisine, un avis de l’Anses est sollicité sur les questions suivantes :• « Quel est le risque de transmission de la TB aux élevages de bovins par des renards compte tenu des éléments actuellement connus ? Quel est le risque de création d’un réservoir de la maladie dans la faune sauvage en intégrant le rôle joué par cette espèce ?• Quelles mesures de gestion (contrôle des densités de renard par la chasse, ramassage des cadavres, etc.) seraient susceptibles de faire diminuer ce risque ?En sus d’une revue bibliographique sur le sujet, nous souhaiterions que votre avis prenne en compte les résultats de l’étude en cours en Dordogne et des investigations complémentaires qui auront pu être menées et dont les résultats seraient disponibles en décembre 2018 ».L’audition de la DGAL a permis de confirmer que la surveillance des renards faisait partie de la gestion et était donc à envisager dans la deuxième question
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,060 | 0,068 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,004 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,002 |
| Communication savante | 0,005 | 0,003 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,003 |
| Intégrité de la recherche | 0,003 | 0,003 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,006 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».