Identifying host genetic factors controlling susceptibility to blood-stage malaria in mice
Notice bibliographique
Résumé
Cette thèse examine les facteurs génétiques contrôlant la réponse de l'hôte à la malaria chez la souris.Dans un premier temps, nous avons phénotypé 25 souches de souris pour déterminer leur résistance ou susceptibilité à l'infection par P. chabaudi chabaudi AS.Un spectre de réponses important a été observé, suggérant une diversité génétique riche en réponse à la malaria.Un croisement F2 a été généré entre les souris susceptibles SM/J et les résistantes C57BL/6.Le phenotypage, le génome scan et l'analyse de linkage ont révélé le locus Char1 comme régulateur clé du niveau de parasitémie dans les [SM/JxC57BL/6]F2.Une analyse d'haplotypes dans Char1 a permis de réduire le locus à un intervalle de 0.4Mb pour la priorisation de gènes candidats.J'ai aussi poursuivi le travail sur le locus Char10 qui avaient été identifié dans un croisement [AcB62xCBA/PK]F2 (LOD=10.8,95% Bayesian CI=50.7-75Mb).Il avait été précédemment démontré que la déficience en pyruvate kinase protège les souris et les hommes contre la malaria.Cependant, les souris AcB62, qui portent la mutation protectrice Pklr I90N s'avèrent être susceptibles à l'infection par P. chabaudi.Nous avons caractérisé le locus Char10 et avons montré qu'il module la sévérité de la déficience en pyruvate kinase en régulant la réponse erythroïde.Nous avons créé 4 lignées congéniques portant des portions différentes de la région Char10 et avons démontré que le gène responsable de l'effet Char10 se trouve dans un intervalle maximal de 4Mb.Le séquençage d'exome dans cette région a permis d'identifier des variants génétiques dans 13 gènes et le séquençage d'ARN a révélé v que 14 gènes étaient différentiellement exprimés entre les lignées CBA/Pk et Char10C.En résumé, ma thèse aura permis de découvrir et de préciser le rôle de facteurs génétiques contrôlant la résistance/susceptibilité à l'infection par P. chabaudi chez la souris et contribue à l'avancée des connaissances génétiques et des mécanismes physiologiques entourant la réponse de l'hôte à la malaria.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».