Identifying host genetic factors controlling susceptibility to blood-stage malaria in mice
Bibliographic record
Abstract
Cette thèse examine les facteurs génétiques contrôlant la réponse de l'hôte à la malaria chez la souris.Dans un premier temps, nous avons phénotypé 25 souches de souris pour déterminer leur résistance ou susceptibilité à l'infection par P. chabaudi chabaudi AS.Un spectre de réponses important a été observé, suggérant une diversité génétique riche en réponse à la malaria.Un croisement F2 a été généré entre les souris susceptibles SM/J et les résistantes C57BL/6.Le phenotypage, le génome scan et l'analyse de linkage ont révélé le locus Char1 comme régulateur clé du niveau de parasitémie dans les [SM/JxC57BL/6]F2.Une analyse d'haplotypes dans Char1 a permis de réduire le locus à un intervalle de 0.4Mb pour la priorisation de gènes candidats.J'ai aussi poursuivi le travail sur le locus Char10 qui avaient été identifié dans un croisement [AcB62xCBA/PK]F2 (LOD=10.8,95% Bayesian CI=50.7-75Mb).Il avait été précédemment démontré que la déficience en pyruvate kinase protège les souris et les hommes contre la malaria.Cependant, les souris AcB62, qui portent la mutation protectrice Pklr I90N s'avèrent être susceptibles à l'infection par P. chabaudi.Nous avons caractérisé le locus Char10 et avons montré qu'il module la sévérité de la déficience en pyruvate kinase en régulant la réponse erythroïde.Nous avons créé 4 lignées congéniques portant des portions différentes de la région Char10 et avons démontré que le gène responsable de l'effet Char10 se trouve dans un intervalle maximal de 4Mb.Le séquençage d'exome dans cette région a permis d'identifier des variants génétiques dans 13 gènes et le séquençage d'ARN a révélé v que 14 gènes étaient différentiellement exprimés entre les lignées CBA/Pk et Char10C.En résumé, ma thèse aura permis de découvrir et de préciser le rôle de facteurs génétiques contrôlant la résistance/susceptibilité à l'infection par P. chabaudi chez la souris et contribue à l'avancée des connaissances génétiques et des mécanismes physiologiques entourant la réponse de l'hôte à la malaria.
Fetched live from OpenAlex and de-inverted. Abstracts are not stored in this database: the inverted indexes are 8.6 GB of the frame’s 9.3 GB of text, and the host has 13 GB free.
How this classification was reachedexpand
Full frame machine prediction
Teacher imitationNot calibrated prevalence, not ground truth. Human validation pending. The Gemma side is a direct model label for every work in the frame, read from the title-only record. The Codex side is a classifier learned from the 10,348 direct Codex labels and calibrated to design-weighted sample rates; fields without enough sample support carry no Codex call. Candidate is the union of the two sides; consensus is their intersection. These outputs are machine_predicted_unvalidated and are not human labels.
Distilled classifier scores by category (both heads)
| Category | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Metaresearch | 0.000 | 0.000 |
| Meta-epidemiology (narrow) | 0.000 | 0.000 |
| Meta-epidemiology (broad) | 0.000 | 0.000 |
| Bibliometrics | 0.001 | 0.000 |
| Science and technology studies | 0.000 | 0.000 |
| Scholarly communication | 0.000 | 0.000 |
| Open science | 0.000 | 0.000 |
| Research integrity | 0.000 | 0.001 |
| Insufficient payload (model declined to judge) | 0.002 | 0.000 |
Machine scores (provisional)
The two teacher heads of the student model, read on this work. A score orders the frame for review; it never asserts a category, and the validation status ships verbatim with every row.
Baseline scores from an immature model (maturity gate not passed, 7 training rounds). Scores rank; they never assert a category.
score_only:v0-immature-baseline · verbatim from the scoring run: score_only means the number may rank works, and no category label ships from itClassification
machine, unvalidatedMachine predicted; a candidate call from one source (direct Gemma or distilled Codex), not a consensus.
How this classification was reached, model by model and score by score, is at the end of the page under "How this classification was reached".