MAPPING PROTEIN-PROTEIN INTERACTION DOMAINS IN WHEAT RHT-D1
Notice bibliographique
Résumé
Fusarium head blight (FHB) is a common fungal disease on wheat in western Canada, leading to loss of grain yield and reduced quality. Susceptibility to this disease has been linked to the presence of ‘Green Revolution’ alleles, Reduced height-B1b (Rht-B1b) and Reduced height-D1b (Rht-D1b), which produced semi-dwarf wheat varieties that benefited the world by increasing wheat production worldwide and solving food shortages in the 1960s. While these semi-dwarfing alleles are still relevant, farmers are now forced to trade the benefit of having high-yielding wheat crops with the risk of FHB. The semi-dwarf phenotype is caused by an altered DELLA protein that inhibits the gibberellic acid signalling pathway, which regulates major aspects of plant growth. DELLA proteins are also involved in various signalling pathways including jasmonate signalling, which controls plant defenses against biotic and abiotic stresses. The goal of my research is to separate these two functions by mapping the protein-protein interaction domain of RHT-D1 with other proteins involved in plant growth, and disease resistance. Through a yeast two-hybrid assay, the interaction domain for GA-receptor, GA-INSENSITIVE DWARF1 (GID1), in the presence of GA is within the N-terminal DELLA regulatory domain. However, it is also reported that wheat RHT-D1 can interact with wheat GID1 independent of GA. Protein truncations containing the RHT-D1 C-terminus display GA-independent interaction with wheat GID1 which is inconsistent with A. thaliana DELLAs. The RHT-D1 and wheat GID1 protein complex structure is predicted using AlphaFold3 and potential crucial amino acid residues required for this interaction are identified. On the other hand, another DELLA interaction partner, wheat jasmonate ZIM-domain1 (JAZ1), a protein involved in JA signalling, and wheat cryptochrome (CRY1) were found to interact with the C-terminal GRAS functional domain of RHT-D1. My findings indicate potential mutation targets for breeding wheat varieties that retain high yield potential, yet are resistant to diseases like FHB. Furthermore, my novel finding of GA-independent interaction between RHT-D1 and wheat GID1 may unveil a protein function of wheat RHT-1s distinct from A. thaliana DELLAs.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».