MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W6992682164

Lipopolysaccharide synthesis and characterization of a core oligosaccharide kinase essential to outer membrane stability

2001· dissertation· en· W6992682164 sur OpenAlexaff

Notice bibliographique

RevueThe Atrium (University of Guelph) · 2001
Typedissertation
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueBacterial Genetics and Biotechnology
Établissements canadiensBibliothèque et Archives nationales du Québec
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésGlycosyltransferaseMutantBacterial outer membranePhosphorylationGeneHomology (biology)OperonBiosynthesis
DOInon disponible

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

In 'Escherichia coli' and 'Salmonella enterica', genes for assembly of the lipopolysaccharide (LPS) core region are clustered on the chromosome in three adjacent operons. The central of these operons encodes glycosyltransferases and other enzymes responsible for assembling one of seven distinct core structures. In 'E. coli' with core type R1, there are nine "'waa'" genes in the central core biosynthesis operon. In order to assign function to each of these genes, non-polar mutations were constructed in each, and the resulting mutant LPS core structures were determined by chemical methods. In 'E. coli' and 'S. enterica', phosphoryl substituents in the LPS core region are essential for the formation of a stable outer membrane. Of particular note, therefore, mutations in four genes characterized by the above approach were shown to affect the degree of core phosphorylation. Two of these genes ('waaY' and 'waaP') were presumed to be involved directly in phosphotransfer reactions based on their weak homology to eukaryotic kinases. The remaining two genes ('waaQ ' and 'waaG') were shown to encode glycosyltransferases acting near phosphorylation sites, and are thus likely required to fulfill the substrate specificity requirements of the phosphorylating enzymes. Mutant derivatives with altered core phosphorylation were analyzed for outer membrane stability by novobiocin and SDS sensitivity testing, and were shown to be more susceptible to these agents than the parent strain. In general, decreased core phosphate substitution resulted in greater membrane instability. In particular, mutation of 'waaP', resulting in a core completely devoid of phosphate, caused a dramatic increase in antibiotic susceptibility. To assess how WaaP and LPS core phosphorylation influence the biology of an intracellular pathogen, a 'waaP' mutant was constructed using an invasive strain of 'S. enterica', and this mutant was tested for virulence using mouse models of infection. The results were unequivocal; mutation of 'waaP' completely abrogated virulence. Given these data, the WaaP protein provides a novel potential target for the development of antibiotics. To further characterize WaaP, the protein was purified, and its enzymatic activity was reconstituted 'in vitro '. Purified WaaP was shown to catalyze the incorporation of 33P from [[gamma]-33P]ATP into phosphate-deficient acceptor LPS.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,002

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,011
Tête enseignante GPT0,214
Écart entre enseignants0,204 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2001
Routes d'admission1
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revueThe Atrium (University of Guelph)Même sujetBacterial Genetics and BiotechnologyTravaux en français237 207