#NOPUBLISH# \nAnalisis epitop sel B pada protein E8L intracellular mature virion (IMV) virus monkeypox sebagai kandidat vaksin berbasis peptida
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRAK: \n \nCacar monyet merupakan penyakit zoonis yang disebabkan oleh virus Monkeypox. Kasus infeksi virus Monkeypox pada manusia sejak tanggal 6 Mei 2022 telah dilaporkan teridentifikasi di Britania Raya, kemudian diikuti oleh beberapa negara seperti Spanyol, Portugal, Jerman, Perancis, Canada, Belanda, hingga Indonesia. World Healt Organization (WHO) telah menetapkan kasus infeksi virus Monkeypox sebagai darurat kesehatan global. Virus Monkeypox menginfeksi manusia dalam bentuk struktur Intracellular Mature Virion (IMV) melalui protein membran yakni protein E8L. Protein E8L IMV memiliki daerah yang dapat dikenali dan berikatan dengan antibodi, disebut sebagai epitop sel B. Epitop sel B telah banyak dikaji untuk menemukan susunan peptida sebagai bahan vaksin berbasis peptida. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk menemukan sekuen epitop sel B potensial untuk kandidat vaksin berbasis peptida. Penelitian ini dilakukan secara in silico melalui pemetaan epitop sel B, kemudian beberapa kandidat epitop diuji berdasarkan beberapa parameter seperti uji antigenitas, uji alerginisitas, uji hidrofobisatas, simulasi docking, dan analisis interaksi molekular. Hasil penelitian ini adalah epitop sel B potensial untuk kandidat vaksin peptida berdasarkan uji antigenitas (0.4274), alergenitas, hidrofobisitas (-2.418), dan energi ikatan hasil interkasi docking (-274.0) adalah epitop dengan sekuen KKKYSSYYEEAKK. Interaksi molekular antara epitop potensial dengan reseptor sel B (ID. 5IFH) adalah melalui asam amino lysine 1, lysine 2, dan tyrosin 4. \n \n \nABSTRACT: \n \n \nMonkeypox is a zoonotic disease caused by the Monkeypox virus. Viral infection case Monkeypox in humans since May 6 202has been reported identified in the United Kingdom, followed by several other countries such as Spain, Portugal, Germany, France, Canada, the Netherlands, to Indonesia. World Health Organization (WHO) has determined a case of viral infection Monkeypox as a global health emergency. Virus Monkeypox infects humans in the form of structures Intracellular Mature Virion (IMV) via a membrane protein, the E8L protein. The IMV E8L protein has a region that can be recognized and bound to antibodies, called a B cell epitope. B cell epitopes have been extensively studied to find peptide sequences as peptide-based vaccine ingredients. The aim of this study was to find potential B cell epitope sequences for peptide-based vaccine candidates. This research was conducted by in silico through B cell epitope mapping, then several epitope candidates were tested based on several parameters such as antigenicity test, allergenicity test, hydrophobicity test, docking simulation, and analysis of molecular interactions. The result of this research is that epitope potential B cells for peptide vaccine candidates based on antigenicity (0.4274), allergenicity, hydrophobicity (-2.418) tests, and bond energy interaction results docking (-274.0) is epitope with the sequence KKKYSSYYEEAKK. The molecular interaction between the potential epitope and the B cell receptor (ID. 5IFH) is via the amino acids lysinee 1, lysinee 2, and tyrosine 4. \n \n \nمستخلص البحث: \n \n \nجدري القرد هو مرض حيواني يسببه فيروس جدري القرود. تم الإبلاغ عن حالات إصابة بشرية بفيروس جدري القرود منذ 6 مايو 2022 في المملكة المتحدة ، ثم انتشر إلى بلدان أخرى مثل إسبانيا والبرتغال وألمانيا وفرنسا وكندا وهولندا وإندونيسيا. منظمة الصحة العالمية (WHO) حددت حالات الإصابة فيروس جدري القرود بأنها حالة طوارئ صحية عالمية. يصيب فيروس جدري القرود البشر على شكل بنية فيريون ناضجة داخل الخلايا (IMV) من خلال بروتين غشائي ، بروتين E8L. يحتوي بروتين E8L IMV على مناطق يمكن التعرف عليها وربطها بالأجسام المضادة ، والتي يشار إليها باسم حواتم الخلاية B. تمت دراسة حواتم الخلاية B على نطاق واسع للعثور على مصفوفات الببتيد كمكونات لقاح أساسها الببتيد. كان الهدف من هذه الدراسة هو إيجاد تسلسل محتمل للخلاية B لمرشح لقاح قائم على الببتيد. تم إجراء هذا البحث حاسوبياً من خلال رسم خرائط حاتمة الخلاية الباء، ثم تم اختبار العديد من المرشحات الحاتمة بناءً على عدة عوامل مثل اختبار الأنتيجين ، واختبار الحساسية ، واختبار مقاومة الماء ، ومحاكاة الالتحام ، وتحليل التفاعل الجزيئي. نتائج هذه الدراسة هي أن حواتم الخلاية B المحتملة لمرشح لقاح الببتيد بناءً على اختبار مستضد (0.4274) ، والمُؤَرِّجة ، والرهاب للماء (-2.418) ، والطاقة الملزمة لنتائج تفاعل الإرساء (-274.0) هي حاتمة مع تسلسل KKKYSSYYEEAKK . يتم التفاعل الجزيئي بين الحاتمة المحتملة ومستقبل الخلاية B (ID. 5IFH) من خلال الأحماض الأمينية ليسين 1 ، ليسين 2 ، وتيروزين 4.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,003 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,003 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,004 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,005 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,003 | 0,003 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; les deux têtes enseignantes s’accordent sur ce qui est montré ici.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».