Thermotolerance in «dipsosaurus dorsalis»: insights into protein thermostability at the primary sequence level
Notice bibliographique
Résumé
Protein stability in solution is often a limiting factor in certain biochemical and structural biology studies. Proteins from the thermotolerant vertebrate Dipsosaurus dorsalis, the desert iguana, have been studied as a possible means to provide stable homologues of mammalian proteins of interest, notably the first nucleotide-binding domain (NBD1) of the cystic fibrosis transmembrane conductance regulator (CFTR). Cystic fibrosis (CF) is an often fatal human disease, which is caused by the malfunction of CFTR. The vast majority of CF patients have a common mutation: a deleted phenylalanine residue (F508) located in the NBD1 domain. The genes coding for the desert iguana NBD1 (iNBD1) and the C-terminal domain of poly-A binding protein (iPABC) were both cloned by reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) of RNA purified from heart tissue. The human and iguana PABC amino acid sequence was found to be identical. Comparison of the iguana NBD1 amino acid sequence to human showed that four amino acid substitutions known to solubilize human NBD1 were naturally occurring in the desert iguana. These residues are localized on a solvent-exposed face of the domain. Sequence analysis of published genomes showed that these solubilizing residues are not unique to the desert iguana. The iNBD1 protein was purified as a GST fusion and an HSQC spectrum was recorded. This analysis offers preliminary data to drive and direct future structural biology studies using thermostable proteins from D. dorsalis.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».