Why Maintain Light Chain Isotypes? The Influence of Heavy Chain Isotype and Complementary Determining Region Lengths upon Light Chain Isotype in Xenopus laevis
Notice bibliographique
Résumé
Different immunoglobulin (Ig) heavy chain (H) isotypes have distinct functions, but so far it is unclear if Ig light (L) chains follow the same pattern. It is usually assumed that form follows function; but if this is true, then why have different IgL isotypes with no known functional differences? In this study we investigate IgH and IgL isotype preferential binding and complementary determining region (CDR) lengths to try to address this question using the African clawed frog, Xenopus laevis, as a model. Amphibians exhibit IgH isotype class switch at a single IgH locus and have an additional, more divergent, IgL isotype (σ) plus the two found in mammals (λ and κ). We used quantitative PCR (qPCR) analysis of IgH isotype of B cells sorted by surface IgL isotype expression to find evidence of preferential use of IgL isotype by IgH isotype. We found a relative skewing in the Igκ cells for IgY, in the Igλ cells for IgX, the Igσ cells for IgM, and corroborated published immunoprecipitations showing that IgY and Igσ do not pair with gene expression data of the IgL isotype sorted cells. Our data also suggests that the exaggerated CDR1 of IgHV families III and VII and the long CDR2 of Igσ may cramp IgH CDR3, making the IgHV III/VII-Igσ pairing less common. While these data do not resolve the conundrum of multiple IgL isotype maintenance in vertebrates, they do show that in a tetrapod with several IgH and several IgL isotype options, IgL isotype use is not random.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».