Designing a DNA-encoded library of aptamer-like oligomers that target an antibody drug.
Notice bibliographique
Résumé
Aptamers are oligonucleotide sequences that have shown promise as alternatives to antibodies due to their high binding affinities with various targets.While aptamers possess some advantages over their protein counterparts, including the ease of chemical modification and the ability to undergo in vitro selection from a randomized pool, their limited chemical diversity, stemming from the four canonical nucleosidic bases, restricts their binding capabilities.Many methods have been used to broaden the chemical space of aptamers including SOMAmer technology and or click-SELEX, but methods rely on nucleosidic monomers that are compatible with DNA polymerases or ligases.Previously, the Sleiman and McKeague labs introduced Aptamer-Like ENcoded OligoMERs (Alenomers) to address the limited chemical diversity of aptamers.This approach incorporates synthetic, non-nucleosidic building blocks into sequence-defined oligo strands to expand the range of molecular interactions.The proof-of-concept study made use of the thrombin binding aptamer (TBA) as a template, a well-known stable G-quadruplex.We also include a DNA code strand that is covalently linked to the oligomer through a nucleoside-based branching unit to identify the corresponding oligo strand.Solid-phase phosphoramidite synthesis and the split-and-pool strategy were used to create a combinatorial library of nearly 300,000 alenomers.Libraries were subject to biomolecule selection, separation, and code amplification.Alenomers identified from nextgeneration sequencing of the DNA code showed improvements in binding affinity and serum stability, underpinning our strategy as an effective method to identify new and useful sequencedefined oligomer for biomolecule binding.The goal of this thesis was to study the important parameters of the alenomer library structure and design that can be tuned for efficient aptamer function.First, we identified a model aptamer that
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».