The gut microbiota's temporal dynamics and relationships with individual traits in a wild eastern chipmunk population
Notice bibliographique
Résumé
Le microbiote intestinal varie selon les espèces hôtes, les individus et au cours du temps. Selon des études récentes, les communautés de microorganismes intestinaux peuvent avoir un impact important sur diverses fonctions de l'hôte, telles que le développement, l'immunité, la physiologie et le comportement. Dans la nature, les variations du microbiote intestinal entre les individus conduisent à des différences d’aptitude. De plus, des études récentes sur des souris et des rats de laboratoire ont révélé des relations entre les comportements liés à l'anxiété et la diversité et la composition du microbiote intestinal. Cependant, les études dans des contextes naturels sont rares, de sorte que les facteurs influençant la variation du microbiote dans les populations naturelles demeurent flous. L'objectif général de ce mémoire est d'étudier la variation individuelle du microbiote intestinal dans des conditions naturelles. Plus précisément, j'examine les dynamiques temporelles des microbes intestinaux et j’explore les liens entre le microbiote et les caractéristiques de l'hôte, avec un accent particulier sur le comportement. Nous avons suivi une population naturelle de tamias rayés (Tamias striatus) dans le sud du Québec en 2021 et 2022, et recueilli des échantillons fécaux pour estimer la composition bactérienne. Nous avons utilisé une approche de modèle mixte, des analyses de répétabilité et une partition de la variance des communautés microbiennes pour examiner les dynamiques du microbiote intestinal en utilisant plusieurs mesures de diversité. Nous avons montré que l'âge des tamias était un prédicteur significatif de la diversité-α du microbiote, et que la composition bactérienne intestinale variait en fonction du comportement et du site de capture. De plus, nous avons constaté que la diversité du microbiote était stable et hautement individualisée au sein d'une saison d’activité, mais que ces différences entre individus ne persistaient pas d'une année à l'autre. Nos résultats soutiennent la relation entre le microbiote intestinal et le comportement de l'hôte chez les mammifères et renforcent l'évidence croissante que l'individualité de la diversité et de la composition bactérienne dépend du temps. _____________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : microbiome intestinal, écologie comportementale, variation individuelle, stabilité, répétabilité
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».