Isolation and characterization of genetic modifiers of Arabidopsis RHD3
Notice bibliographique
Résumé
AbstractRoot hair cells of Arabidopsis are a model system for investigations of polarized cell expansion. Root hairs are long, cellular extensions, produced by tip growth on trichoblast cells of the root epidermis. Many genes necessary for proper tip growth have been identified in Arabidopsis including RHD3. The Arabidopsis root hair defective3 (rhd3) mutant produces short, misshapen root hairs. RHD3 was cloned as a large GTP binding protein, and recently it was shown to be involved in the formation of the tubular ER network. To date, the role of RHD3 in ER formation and the cause of the defective root hairs in rhd3 mutants are still not clear. To uncover genetic interactions of RHD3, a genetic modifier screen was conducted in an rhd3 mutant background. Through this experiment 10 genetic modifiers of rhd3 were isolated. Characterization of these modifiers, revealed that 9 of them carry single, recessive mutations which, in combination with the rhd3 mutation, disrupt the growth of root hairs. Three of the mutations cause mutant root hair phenotypes without the rhd3 mutation. The remaining mutations fall into two groups; those that appear to be epistatic to mutations in RHD3 and those that are only able to affect root hair development in an rhd3 mutant background. A test for genetic interactions between RHD3 and two known genes, SHV2 and BOT1, was also conducted. The SHV2 gene encodes a GPI-anchored, COBRA-like protein, and mutations in SHV2 impair root hair elongation. Analysis of shv2 rhd3 double mutants, revealed that mutations in SHV2 can synthetically enhance the rhd3 mutant root hair phenotype.BOT1 encodes a Katanin-like, microtubule severing protein. Mutations in BOT1 lead to the growth of ectopic root hairs. Double mutant analysis revealed that mutations in BOT1 can partially suppress the effects of mutations in RHD3 on the growth of root hairs.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».