Étude transcriptomique de l'effet de la température sur le déterminisme du phénotype sexuel chez la plie rouge
Notice bibliographique
Résumé
« La plie rouge (Pseudopleuronectes americanus) est un poisson plat de l'Atlantique Nord que l'on retrouve essentiellement sur la côte est du Canada et des États-Unis. C'est une espèce dont la détermination du phénotype sexuel semble être influencée par la température, on parle de TSD (« Temperature-dependent Sex Determination »). À cause du réchauffement climatique, il est important de déterminer si ce phénomène est présent ou non chez la plie rouge et à en comprendre les mécanismes sous-jacents. Nous avons émis l'hypothèse selon laquelle la température aurait un impact majeur au cours du développement larvaire et que le stade thermosensible se situerait juste avant la métamorphose en juvénile. De plus, nous avons supposé que la voie de la stéroïdogenèse, qui permet la synthèse des hormones sexuelles (testostérone, 11-cétotestostérone et estrogènes chez les poissons), était impliquée dans ce phénomène. Nous avons donc constitué trois cohortes à partir de pontes effectuées à trois reprises au cours du printemps. Les conditions de température et de salinité correspondaient aux conditions saisonnières du Saint-Laurent et chaque cohorte a ainsi été exposée à un régime de température différent durant tout le développement des œufs puis des larves. Une fois la métamorphose effectuée, tous les juvéniles ont été exposés à une température fixe de 10,7°C. Des larves ont été échantillonnées à 20, 30 et 40 jours post-éclosion et des juvéniles un mois après la métamorphose. L'ARN de ces individus a été extrait, séquencé et analysé afin d'obtenir les niveaux d'expression de l'ensemble des gènes impliqués dans la stéroïdogenèse. L'analyse transcriptomique a permis de bien séparer larves et juvéniles. Les patrons d'expression des gènes ont montré que la voie de la stéroïdogenèse semblait bel et bien être influencée par la température, mais nous n'avons pu mettre en évidence un déséquilibre du sexe-ratio ni une favorisation du phénotype mâle. Cependant, les juvéniles issus des larves élevées au régime de température le plus élevé montrent des différences marquées au niveau de l'expression des gènes de la stéroïdogenèse sans que nous puissions toutefois en déterminer les conséquences. Des analyses complémentaires sur le transcriptome pourraient donc permettre de mieux comprendre ces résultats.-- Mots clés en français : plie rouge, température, phénotype sexuel, TSD, stéroïdogenèse, transcriptome, développement larvaire, juvéniles. »-- \n« Winter flounder (Pseudopleuronectes americanus) is a North Atlantic flatfish found on the east coast of Canada and of the United States. It is a species in which the determination of the sexual phenotype seems to be influenced by temperature which is called the TSD phenomenon (Temperature-dependent Sex Determination). Considering the actual global warming, it is important to determine whether or not this phenomenon is present in winter flounder and to determine the underlying mechanisms. We hypothesized that temperature would have a major impact during larval development and that the temperature-sensitive stage would be just before metamorphosis into juveniles. Moreover, we assumed that the steroidogenesis pathway, which allows the synthesis of sex hormones (testosterone, 11-ketotosterone and estrogens in fishes), would be involved in this phenomenon. So, we surveyed three cohorts issued from three different spawns during spring time. Temperature and salinity conditions followed seasonal conditions in the St. Lawrence Estuary and each cohort was thus exposed to a different temperature regime during egg and larval development. Once metamorphosis occurred, all juveniles were exposed to a stable temperature of 10.7 °C. Larvae were sampled at 20, 30, and 40 days post-hatching and juveniles one month after metamorphosis. RNA was extracted from these individuals, sequenced, and analyzed to obtain expression levels of all genes involved in steroidogenesis. Transcriptome analysis allowed clear differentiation between larvae and juveniles. Gene expression patterns showed that the steroidogenesis pathway was influenced by temperature but we were not able to demonstrate a sex-ratio imbalance or a favoring of male phenotype. However, juveniles from larvae reared at the highest temperature regime showed strong differences in the expression of steroidogenesis-related genes, but we were not able to determine the outcome. Complementary analyses of the transcriptome could provide a better understanding of these results.-- Mots clés en anglais : winter flounder, temperature, sexual phenotype, TSD, steroidogenesis, transcriptome, larval development, juveniles. »--
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».