Étude transcriptomique de l'effet de la température sur le déterminisme du phénotype sexuel chez la plie rouge
Bibliographic record
Abstract
« La plie rouge (Pseudopleuronectes americanus) est un poisson plat de l'Atlantique Nord que l'on retrouve essentiellement sur la côte est du Canada et des États-Unis. C'est une espèce dont la détermination du phénotype sexuel semble être influencée par la température, on parle de TSD (« Temperature-dependent Sex Determination »). À cause du réchauffement climatique, il est important de déterminer si ce phénomène est présent ou non chez la plie rouge et à en comprendre les mécanismes sous-jacents. Nous avons émis l'hypothèse selon laquelle la température aurait un impact majeur au cours du développement larvaire et que le stade thermosensible se situerait juste avant la métamorphose en juvénile. De plus, nous avons supposé que la voie de la stéroïdogenèse, qui permet la synthèse des hormones sexuelles (testostérone, 11-cétotestostérone et estrogènes chez les poissons), était impliquée dans ce phénomène. Nous avons donc constitué trois cohortes à partir de pontes effectuées à trois reprises au cours du printemps. Les conditions de température et de salinité correspondaient aux conditions saisonnières du Saint-Laurent et chaque cohorte a ainsi été exposée à un régime de température différent durant tout le développement des œufs puis des larves. Une fois la métamorphose effectuée, tous les juvéniles ont été exposés à une température fixe de 10,7°C. Des larves ont été échantillonnées à 20, 30 et 40 jours post-éclosion et des juvéniles un mois après la métamorphose. L'ARN de ces individus a été extrait, séquencé et analysé afin d'obtenir les niveaux d'expression de l'ensemble des gènes impliqués dans la stéroïdogenèse. L'analyse transcriptomique a permis de bien séparer larves et juvéniles. Les patrons d'expression des gènes ont montré que la voie de la stéroïdogenèse semblait bel et bien être influencée par la température, mais nous n'avons pu mettre en évidence un déséquilibre du sexe-ratio ni une favorisation du phénotype mâle. Cependant, les juvéniles issus des larves élevées au régime de température le plus élevé montrent des différences marquées au niveau de l'expression des gènes de la stéroïdogenèse sans que nous puissions toutefois en déterminer les conséquences. Des analyses complémentaires sur le transcriptome pourraient donc permettre de mieux comprendre ces résultats.-- Mots clés en français : plie rouge, température, phénotype sexuel, TSD, stéroïdogenèse, transcriptome, développement larvaire, juvéniles. »-- \n« Winter flounder (Pseudopleuronectes americanus) is a North Atlantic flatfish found on the east coast of Canada and of the United States. It is a species in which the determination of the sexual phenotype seems to be influenced by temperature which is called the TSD phenomenon (Temperature-dependent Sex Determination). Considering the actual global warming, it is important to determine whether or not this phenomenon is present in winter flounder and to determine the underlying mechanisms. We hypothesized that temperature would have a major impact during larval development and that the temperature-sensitive stage would be just before metamorphosis into juveniles. Moreover, we assumed that the steroidogenesis pathway, which allows the synthesis of sex hormones (testosterone, 11-ketotosterone and estrogens in fishes), would be involved in this phenomenon. So, we surveyed three cohorts issued from three different spawns during spring time. Temperature and salinity conditions followed seasonal conditions in the St. Lawrence Estuary and each cohort was thus exposed to a different temperature regime during egg and larval development. Once metamorphosis occurred, all juveniles were exposed to a stable temperature of 10.7 °C. Larvae were sampled at 20, 30, and 40 days post-hatching and juveniles one month after metamorphosis. RNA was extracted from these individuals, sequenced, and analyzed to obtain expression levels of all genes involved in steroidogenesis. Transcriptome analysis allowed clear differentiation between larvae and juveniles. Gene expression patterns showed that the steroidogenesis pathway was influenced by temperature but we were not able to demonstrate a sex-ratio imbalance or a favoring of male phenotype. However, juveniles from larvae reared at the highest temperature regime showed strong differences in the expression of steroidogenesis-related genes, but we were not able to determine the outcome. Complementary analyses of the transcriptome could provide a better understanding of these results.-- Mots clés en anglais : winter flounder, temperature, sexual phenotype, TSD, steroidogenesis, transcriptome, larval development, juveniles. »--
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How this classification was reachedexpand
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Teacher imitationNot calibrated prevalence, not ground truth. Human validation pending. The Gemma side is a direct model label for every work in the frame, read from the title-only record. The Codex side is a classifier learned from the 10,348 direct Codex labels and calibrated to design-weighted sample rates; fields without enough sample support carry no Codex call. Candidate is the union of the two sides; consensus is their intersection. These outputs are machine_predicted_unvalidated and are not human labels.
Distilled classifier scores by category (both heads)
| Category | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Metaresearch | 0.000 | 0.000 |
| Meta-epidemiology (narrow) | 0.000 | 0.000 |
| Meta-epidemiology (broad) | 0.000 | 0.000 |
| Bibliometrics | 0.000 | 0.000 |
| Science and technology studies | 0.000 | 0.000 |
| Scholarly communication | 0.001 | 0.000 |
| Open science | 0.000 | 0.000 |
| Research integrity | 0.000 | 0.001 |
| Insufficient payload (model declined to judge) | 0.002 | 0.000 |
Machine scores (provisional)
The two teacher heads of the student model, read on this work. A score orders the frame for review; it never asserts a category, and the validation status ships verbatim with every row.
Baseline scores from an immature model (maturity gate not passed, 7 training rounds). Scores rank; they never assert a category.
score_only:v0-immature-baseline · verbatim from the scoring run: score_only means the number may rank works, and no category label ships from itClassification
machine, unvalidatedMachine predicted; a candidate call from one source (direct Gemma or distilled Codex), not a consensus.
How this classification was reached, model by model and score by score, is at the end of the page under "How this classification was reached".