Genetic structure, demographic history and taxonomic status of the malaria vectors: «anopheles albimanus, An. darlingi and An. punctimacula,» in southern Central America
Notice bibliographique
Résumé
Little research has been undertaken on malaria vectors in southern Central America, particularly in Panama, where a serious outbreak took place from 2001 to 2005.Here, I have confirmed the presence of fourteen Anopheles species, seven of which have the potential to transmit malaria in Panama.In addition, I collected An. darlingi for the first time in Panama, Darien, near the Colombian border.Sequence comparisons using the white gene confirmed the presence of the northern genotype, and a demographic analysis using the mtDNA COI gene indicated that An. darlingi has not been recently introduced from Colombia into eastern Panama.Three independent molecular markers (mtDNA COI, nDNA white, rDNA ITS2) supported the status of a single species of An. albimanus, and uncovered significant population structure across Nicaragua, Costa Rica, Panama, Colombia and Ecuador.The genetic structure of An. albimanus appears to be related to Pleistocene contraction, geographic fragmentation and subsequent expansion.Therefore, An. albimanus is not at mutation -drift equilibrium regionally.This pattern of population expansion is similar to the one depicted for An.darlingi in Amazonia South America.Phylogenetic analyses using the COI and the ITS2 markers detected lineage divergence in An. punctimacula s.l.Seven clades were well supported and clearly differentiated from An. malefactor.In contrast, the Folmer COI region did not support this divergence, perhaps due to the unequal mutation rate across the COI gene.My findings have provided a more complete figure of the population history and taxonomic status of three important malaria vectors; this information will be valuable to better understand the Resume Peu de recherches ont été effectuées sur les vecteurs de la malaria dans le sud de l'Amérique centrale, en particulier au Panama, où pourtant plusieurs épidémies ont eu lieu de 2001 à 2005.Dans cette présente étude, quatorze espèces d'Anopheles ont été inventoriés, dont sept qui ont le potentiel de transmettre la malaria au Panama.De plus, An. darlingi a été recueilli pour la première fois dans la région de Darien au Panama, près de la frontière colombienne.La comparaison des séquences du gène blanc a révélé la présence du génotype du nord, et l'analyse démographique utilisant le gène COI mtDNA a indiqué que la présence d'An.darlingi, à l'est du Panama, ne serait pas l'origine d'une migration récente en provenance de la Colombie.Trois marqueurs moléculaires indépendants (mtDNA COI, nDNA blanc, rDNA ITS2) supportent l'état d'une seule espèce d'An.albimanus, mais tout en ayant des distinctions significatifs entre les populations du Nicaragua, Costa Rica, Panama, Colombie et l'Équateur.La structure génétique d'An.albimanus semble être liée à la contraction du Pléistocène, à la fragmentation géographique et aux expansions ultérieures.Par conséquent, An. albimanus n'est pas en mutation -drift equilibrium regionally.Le modèle d'expansion de la population d'An.albimanus est semblable à celui représenté pour An. darlingi de l'Amazonie en Amérique du sud.L'analyse phylogénétique utilisant les marqueurs COI et ITS2 a détecté des lignées divergentes pour An. punctimacula s.l.Sept groupes ont bien été supportés et différenciées d'An.malefactor.Cependant, la région de Folmer COI ne support pas cette divergence, peut-être en raison d'un taux de mutation variable du gène iv COI.Cette étude établi un meilleur portrait de l'histoire des populations et du statut taxonomique de trois importants vecteurs de la malaria.Cette précieuse information sera utile pour mieux comprendre l'épidémiologie de la malaria sur le territoire néo-tropical.De plus, cela contribuera à la conception future de stratégies efficaces pour le contrôle des vecteurs.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».